查看你benihoppe_flower_sct.qs 对应的benihoppe_flower_sct.metadata.tsv 文件有没有 “Sample”列信息
运行这个脚本时Rscript $scripts/cell_purity_ROGUE.r --rds benihoppe_flower_sct.qs \
--samples Sample --groupby seurat_clusters \
-p ROGUE_sct 出现以下报错,我标准化的方法是--sctransform,视频里是后续分析,这里我们选择 harmony整合方法 非sctransform结果
然后我运行上述代码出现以下报错ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors
qs 0.27.3. Announcement: https://github.com/qsbase/qs/issues/103
Warning message:
In asMethod(object) :
sparse->dense coercion: allocating vector of size 63.3 GiB
Error in `[.data.frame`(seurat_obj@meta.data, , opt$samples) :
undefined columns selected
Calls: rogue ... tibble -> tibble_quos -> eval_tidy -> [ -> [.data.frame
Execution halted