单细胞ROGUE 判断分群纯度

运行这个脚本时Rscript $scripts/cell_purity_ROGUE.r --rds benihoppe_flower_sct.qs  \

 --samples Sample --groupby seurat_clusters  \

 -p ROGUE_sct 出现以下报错,我标准化的方法是--sctransform,视频里是后续分析,这里我们选择 harmony整合方法 非sctransform结果

然后我运行上述代码出现以下报错ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors

qs 0.27.3. Announcement: https://github.com/qsbase/qs/issues/103

Warning message:

In asMethod(object) :

  sparse->dense coercion: allocating vector of size 63.3 GiB

Error in `[.data.frame`(seurat_obj@meta.data, , opt$samples) : 

  undefined columns selected

Calls: rogue ... tibble -> tibble_quos -> eval_tidy -> [ -> [.data.frame

Execution halted

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

查看你benihoppe_flower_sct.qs  对应benihoppe_flower_sct.metadata.tsv 文件有没有 “Sample”列信息

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