PSMC作图为一条直线

老师您好,我使用群体分析中的PSMC流程作图出现这个问题,更换样品也没有用,样品测序深度都在30X以上,但是样品杂合度高,参考基因组质量不是很好,请问老师这个问题该如何解决。attachments-2026-02-GliBzhTR69a2d5430ae38.png

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1 个回答

Ti Amo

1.  出现这个问题是因为PSMC对数据质量极为敏感,杂合度高和参考基因组差会导致大量杂合位点被误判为测序错误,从而无法有效构建图

2.杂合度高是物种特性吗?也就是参考基因组只有一套染色体,但实际上应当是两套染色体才能降低比对产生杂合度的问题。

3. 如果没有更好的基因组可以选择,接下来两个思路:

 3.1 使用更严格的参数过滤低质量位点,主要是过滤bam

 3.2 调整PSMC参数。比如突变与重组率参数(-r,可以考虑调低),时间阶段的划分方式参数(-p,可以尝试简化模式,如 -p "4+25")

如果以上两条解决方法都没有用的话,换SMC++看看能不能做出来


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  • BJFU 提出于 4天前

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