1. 出现这个问题是因为PSMC对数据质量极为敏感,杂合度高和参考基因组差会导致大量杂合位点被误判为测序错误,从而无法有效构建图
2.杂合度高是物种特性吗?也就是参考基因组只有一套染色体,但实际上应当是两套染色体才能降低比对产生杂合度的问题。
3. 如果没有更好的基因组可以选择,接下来两个思路:
3.1 使用更严格的参数过滤低质量位点,主要是过滤bam
3.2 调整PSMC参数。比如突变与重组率参数(-r,可以考虑调低),时间阶段的划分方式参数(-p,可以尝试简化模式,如 -p "4+25")
如果以上两条解决方法都没有用的话,换SMC++看看能不能做出来
