质控 - 组学大讲堂问答社区

质控

我用命令质控的时候，vcfutils.pl varFilter -w 5 -W 10 "gzip -dc all.raw.gatked.vcf.gz|" |gzip - >all.varFilter.vcf.gz 运行完这个命令还有几千万个位点，之后运行vcftools --gzvcf CP162209.1.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 3 --maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 30 --min-alleles 2 --max-alleles 2 |gzip - > CP162209.1.clean.vcf.gz 这个命令，运行完周后只有几千个位点，很多位点都没有了，这是怎么回事？怎么修改这个命令。

0 条评论
分类：遗传进化

默认排序时间排序

1 个回答

Ti Amo 12小时前

说明目前过滤标准对你的数据来说太严格了，目前过滤标准为： --maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 3 --maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 30 --min-alleles 2 --max-alleles 2
1. 如果你测序深度低，删除这个参数：--minDP 3
2. 如果不是二倍体，删掉这个--min-alleles 2 --max-alleles 2
3. 如果样本多样性差，下调--maf 0.05 --max-missing 0.7

质控

1 个回答

相似问题