第一次原始数据使用fastp质控，后用HISAT2 进行比对，用featureCounts进行定量，得到结果文件上R进行差异分析，得到1300多个差异基因，gene_id转换时，差异基因从1300多到最后才900多（提取的Sus_scrofa.Sscrofa11.1.115.gtf和org.Ss.eg.db_3.22.0.tar.gz的entrez id和symbol合并到差异差异基因列表），代码如下，可是kegg通路要么就是没有，要么就是一条，后面相同办法试了几次，差异基因数量和转换后的genne数量相差不大。第二次第一次原始数据使用fastqc质控，Trimmomatic清洗，用HISAT2 进行比对，定量使用 HTSeq，在R上的差异分析和第一次差不多，最后kegg8条通路，go只有2条bp通路，cc一条没有， mf15条