空间转录组样本在一张芯片上

我的空间转录组的3个样本放在了一张芯片上，在用scanpy和seurat质控的时候如何设置，将这三个样本区分开来？

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分类：转录组

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omicsgene - 生物信息 2026-08-29 07:51

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的是华大的空间转录组数据吗？可以先一起分析，最后再分开分析，

需要分开显示可以利用华大的steromap，可视化软件圈选出一张芯片上不同区域坐标，识别坐标中的不同样本的 barcode信息，然后添加样本分组信息到metadata中，方便后续拆分样本显示；

最新的saw ( 8.3.0) 已经更新了不连续的组织自动拆分：--split-tissue-into-labels 详情参考：https://www.stomics.tech/service/saw-8-3/docs/shi-yong-jiao-cheng/pin-pian-tma-yang-ben-fen-xi.html

cd /saw/runs/

/saw count \
    --id=Y40056J5K7_split_labels \
    --sn=Y40056J5K7 \
    --omics=transcriptomics \
    --kit-version='Stereo-seq N FFPE V1.1' \
    --sequencing-type=PE75_50+100 \
    --organism=Mouse \
    --tissue=Multiple \
    --no-bam \
    --split-tissue-into-labels \
    --image-tar=./Y40056J5K7_SC_20251203_102551_4.1.1.tar.gz \
    --chip-mask=./Y40056J5K7.barcodeToPos.h5 \
    --fastqs=./reads \
    --reference=./Mus_musculus_index_with_rRNA \
    --rRNA-remove

# 拼片取子集使用 steromap 圈选子区域生成 geojson 文件：SN.geojson 参考：https://www.stomics.tech/service/stereomap-4-3/docs/bioinformatics-analysis/stereo-seq-t-ff/biao-zhu-qu-yu-bing-sheng-cheng-xin-de-re-tu.html

利用saw取子集：

saw reanalyze lasso \
    --gef=sample/outs/feature_expression/SN.tissue.gef \
    --lasso-geojson=SN.geojson \
    --output=sample

# 数据转换方便后续接seurat 和 scanpy流程， saw 8.3 开始支持底片

    saw  convert  gef2h5ad --threads-num 20  --gef sample/group/SN.group.label.gef \
      --h5ad sample.bin50.h5ad --bin-size 50 --image  sample/outs/image/SN_ssDNA_regist.tif  --layer sample_g1
    
    saw  convert  h5ad2rds --threads-num 20  --h5ad sample.bin50.h5ad \
      --rds sample.bin50.rds

空间转录组样本在一张芯片上

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