命令行是

#numer比对

for query in `cat stepmap_ID.txt`;do

  #去除未组装到染色体水平的scaffold和contig序列

  #seqkit grep -r -p '^chr\d+$'  $workdir/01.data_prepare/$query.fa  > $query.fa

  ln -s $workdir/01.data_prepare/$query.fa

  # 比对,生成query.delta

  nucmer -g 1000 -t 10 -p $query ref.fa  $query.fa

  # 多对多 比对过滤

  delta-filter -m -r -q -i 80 -l 100 $query.delta > $query.mdelta

  #转换成人类可读的表格格式

  show-coords -Tclrd  $query.mdelta > $query.mcoords

done