你的树每个节点的高度都完全不同且单调递增，DFOIL_Picker_mod_noEdge.R 对于每个节点又只考虑高度大于或等于当前节点高度的其他节点（脚本133行）。这就导致在进行组合的时候，每个节点要么没有足够高的其他节点，要么符合条件的节点都是自己的后代而被排除。所以没结果是树形导致的。
要么把70行注释掉不用。或者62行注释，换成64行。或者把133行条件放宽改成compnodes <- nodes[!(nodes[,2] %in% c(node_id, desc1)) & nodes[,1] > 0, 2]。
geneflow
我用命令Rscript $scriptdir/dfoiliator-main/DFOIL_Picker_mod_noEdge.R -n subsample.txt.taxon -t tree.nwk 生成的文件 four_taxa_sets.txt 是空的，另外我检查了subsample.txt.taxon 和tree.nwk 好像也没有什么错误，subsample.txt.taxon tree.nwk 你看看这两个文件有问题没有？ 