2025-06-05 09:42 回答问题

谢谢老师，但是比对完之后结果是空的，导致ranco报错，我在单独运行ont数据与基因组比对时就没有出现爆内存的问题，并且我的内存是512gb，是不是ont.fa的数据格式有问题？我是通过seqkit转换的 这是我的ont数据内容： >1d88d7d1-7e1b-441f-9e7b-5772c8a6d99e runid=53c4be9a0b11aaf13ce892d32830ea5e4dda6e0e ch=2823 start_time=2025-05-27T07:55:59.130533+08:0

2025-06-03 21:52 发起提问

2025-04-11 11:19 发起提问

2025-04-11 11:14 发起提问

2025-03-05 15:27 发起提问

2025-02-19 22:29 发起提问

2025-01-02 20:49 发起提问

2024-12-17 23:42 回答问题

还想补充一个问题，因为我的物种是杨树，已经多个基因组公布，我能不能根据他们来进行同源预测，需要的gff文件是什么样的，因为我在phytozome下载的gff3文件打开跟database中的gff内容不一样，还有就是我计划用毛果杨4.1版本做17.liftoff.sh，想问下应该用下图中哪个gff3文件？还有就是18.PASA.sh中est应该用下图中哪个文件？

2024-12-17 23:15 回答问题

上图是生成的文件，似乎是缺少什么索引或者排序导致的，我的HIC是用的AAGCTT，核实过

2024-12-17 23:11 发起提问