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GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题

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泛基因家族分析

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基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

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老师，您好！请问做全基因组选择（GS选择）之前，训练集和预测集的划分，有没有代码可以按照特定比例，随机快速实现材料的划分，并生成文件？（比如20%个体作为训练集，80%个体作为预测集；40%个体作为训练集，60%个体作为预测集；60%个体作为训练集，40%个体作为预测集；80%个体作为训练集，20%个体作为预测集，等等）

  • 2025-08-08 16:14
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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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老师好，我在做gwas分析小麦时，按照脚本进行vcftools 过滤生成clean.vcf.gz 文件后出现以下问题，该如何解决

  • Max 2025-07-17 10:14
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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

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5 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

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老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

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基因单倍型分析报错

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老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续的分析就出现了报错，这是什么原因，是我选择的基因组不合适还是其他原因。

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基因家族分析

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ALLHIC1挂载出现问题

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GATK 将VCF文件导入db出现问题

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kneaddata里的trimmomatic的接头文件是通用的吗

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你好，我在做小麦GWAS分析时，按照脚本过滤生成clean.vcf.gz文件，文件变得非常小怎么回事，修改过滤参数还是一样，到进化树分析时显示文件为空，有人能解答吗

  • Max 2025-07-15 11:10
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老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，提取出的文件是空的，这是什么原因，请老师解惑

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合并CNV结果失败

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用ALLHIC挂载时，划分Group出现问题

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老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛