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运行自己的数据绘制Upset图，这个报错是什么原因呢？

  • halo 2025-08-27 18:27
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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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老师，我做泛基因家族鉴定时，06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条，请问哪里可能有问题

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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存在缺失分析

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tree_tax出错

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老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

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请问win11家庭版上刚开始基于hyper-v安装了docker，后来调整docker设置变成基于WSL2安装docker，然后请问这样可行吗？怎么使用？

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dadi分析

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prodigal预测基因后会去除partial=00的contigs

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Fst,pi, and ROD 分析

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5 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

  • 2025-10-10 20:38
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mcmctree运行很长时间

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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样

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请问有fastsimcoal使用相关的课程吗，或者类似功能的软件

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泛基因家族分析核心基因的确定

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kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧

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请问一下老师，在大讲堂学习的时候用的是docker＋Linux系统，但是回来以后课题组用的是vmware虚拟机，那我怎么将docker的镜像放到vmware中呢

  • Nier 2025-09-10 12:17
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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。