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在进行进化树分析时，运行出clean.sorted.vcf.gz文件后，后续文件跑不出来了，报错原因如图所示

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绘制热图所用数据的样本或处理如何确定

  • 2025-05-23 15:37
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泛基因筛选最长转录本时出现问题

  • Yang 2025-07-03 22:25
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老师，我做共线性分析时，出现了以下错误，什么也生成不出来

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老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

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老师，我做gwas分析过程中出现这种问题，该如何解决呢？

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老师我200个样本的重测序测完以后，构建进化树时进化树的分群信息和我样本的来源信息不同，该怎么解决呀

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泛基因家族分析进化树构建

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我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上，不知道哪里出错了，基因文件和gff文件没有问题

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STRING数据库映射出来的拟南芥基因号不是AT开头的

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老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

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泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令行是不是要进行修改如下图所示

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泛基因家族分析绘制kaks>1频率分布的热图

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老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查了相关文件都能打开，我是做成和share文件里domain_final.bed一样的txt格式，然后在FZ上加后缀bed改为bed格式，请问哪里有问题

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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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泛基因家族分析数据准备

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老师您好，我想问一下，一个鉴定出来的基因ID它的CDS序列开头是TAC而不是ATG,那这个基因可以保留吗

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泛基因组分析，磁盘配额不足

  • Yang 2025-07-26 16:31
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共线性分析，最后一步出不来pdf。看不懂提示。