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请问我想注释出碳氮磷硫功能基因及丰度，有什么教程吗

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

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您好，想请教一下 linux中 R语言安装magick的包装不上的问题

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IBD 计算2

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重测序分析

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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

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老师，就是我在做结构变异分析那里，我重测序分析的个体只有36个 下面我用红色箭头指的那个参数和值为30的这两个参数设置为多少比较合适呀，谢谢老师

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老师，软连接以后，我的样本名后面加了？这样对吗 在软连接时，我将Rstudio中的gz去掉了，因为我的data数据没有gz

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

  • John 2025-03-12 15:36
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#提取cds 用基因的id，作为序列的id；；1.这条指令如何修改，我想保留第一个pbr013511.1，这条指令只能保留中间部分 2.提取完cds和pep后，>DAnjou后面的内容，没有基因ID，ANQ为他的gff3文件 3.同样也是提取完cds和pep之后，>后面内容无基因id；DL为gff文件

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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基因结构注释效果不理想

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采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如何修复（就是修改可视化Manhattan图的纵坐标）

  • John 2025-03-12 15:35
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文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

2 解决

10 参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级染色体，各染色体大小分布非常不均匀

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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

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GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题

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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

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重测序