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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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老师您好，我做MCScanX 进行blast建库时总是报错，文件前加上绝对路径也还是报错显示文件不存在

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基因家族分析

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ALLHIC1挂载出现问题

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老师您好，我在做物种间多线性分析时出现如下错误，希望您可以帮忙给看看，感谢！

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fastp过滤宏基因组序列

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老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

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老师，您好。在转录组学和代谢组学做联合分析时，必须要在同一通路下分析，还是相关通路都能分析，如转录组的植物激素信号转导（ko04075）和代谢组的植物激素合成(ko01070)能联合分析吗

  • Echo 2025-09-01 15:00
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老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

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有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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泛基因家族分析-SV和表达量

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客服说泛基因组分析中26Pan-genes.list对应泛基因集分析章节中的final.last.gene.pair.txt文件，但是两者之间有差异，像是缺了几列是怎么回事，如下面详述，请解答

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老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而且只有embplant_pt.K105.scaffolds.graph1.1.path_sequence.fasta，没有1.2， 这是什么问题呀

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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16S课程 启动镜像（DockerDesktop）

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

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