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fastsimcoal

  • lint 2025-03-21 10:37
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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

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用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

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在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

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genomescop2有没有办法出pdf的图片呢

  • 2025-01-20 15:14
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老师，我看课程里有这一步，但没讲解后面的C是干什么的，也看不太清C前面上角那个符号是打的啥怎么打上去的

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请问单倍型分析一直显示错误怎么办

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老师 请问这个运行时需要很久吗，上面显示的需要7天

  • Oho 2025-03-08 15:13
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老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

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想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

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请问老师。镜像启动是哪里出错了

  • 2025-03-11 21:25
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共线性分析获取基因对应的蛋白序列信息出问题

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IBD 计算2

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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老师您好，在参考基因组比对时出错。

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GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

  • John 2025-03-12 15:34
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请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

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老师，我有20个不同菌株的基因序列（fasta文件），请问怎么进行基因组学分析？

  • 2025-02-23 13:46
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请问单倍型分析时遇到这个报错应该怎么解决

  • 2025-01-15 13:57