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老师，我想做一下分子方差分析AMOVA，咱们有相关的代码嘛，好多群体遗传文献里有这个分析，不知道咱们可以提供嘛？

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老师，想用ka/ks值画一个热图，而不是筛选大于1的基因做热图，请问如何修改代码及脚本？

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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[main] unrecognized preset 'china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz'

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二代DNA测序数据进行kmer分析，结果如下图，想请问可能的原因和建议。

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老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

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我用Evolview做了一个进化树加热图的图，我怎么把图例里面的白色对应刻度0啊

  • 2025-02-10 22:30
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怎么从泛基因组call SNP呢？

  • 2025-03-05 17:34
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Hic挂载时 K值选择

  • _He. 2025-04-23 08:48
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verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

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请问可以同时运行2个terminal吗，在内存和存储还有cpu都有剩余很多的情况下

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老师，结构变异的基因注释；建立注释库后，运行结果出错，如下图；提取结构变异信息时，我提取了一个样本的tsv的染色体，起始，终止，0，0；运行#注释的代码，生成的外显子文件为0；请问应该如何操作？PsbM是参考基因组，PsbF为一个样本

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老师，这是某一个最长转录本的保留；；请问#Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉；；这条指令是不是对应下图中要删除掉ID后面的gene mRNA exon CDS等信息呢？

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在容器中设置工作路径始终显示找不到内容，调整好多次了，还是不行

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请问这个是中间文件吗，注释成功后，就可以删除掉，节约空间，是吗？

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我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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染色体挂载使用的是大讲堂的镜像，bwa出现报错

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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合并GVCF文件