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Fst,pi, and ROD 分析

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老师docker压缩包能不能发一下，给我的文件里面没有

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老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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单倍型分析

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Xpclr

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泛基因家族分析

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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样

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老师您好，我做MCScanX 进行blast建库时总是报错，文件前加上绝对路径也还是报错显示文件不存在

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泛基因家族-PAV

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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只有叶片组织的播种24天及以后的数据，我都选取播种24天的数据进行转录组分析可以么，另外我想以其中一个品种作为参考基因组，我是不是需要把这个基因组的fasta文件和gff文件建立索引，然后再分析这几个基因组的rnaseq数据，包括参考基因组的ranseq

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dadi

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单倍型分析

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dadi

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泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

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老师，在初步查看cluster分群信息时，能否使用--cols代码，实现对某个cluster的颜色进行改变，具体代码是什么

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mcmctree运行很长时间

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泛基因家族分析-SV和表达量