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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

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5 单细胞测序拟时分析没有“seruat”这个包报错

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老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

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#提取cds 用基因的id，作为序列的id；；1.这条指令如何修改，我想保留第一个pbr013511.1，这条指令只能保留中间部分 2.提取完cds和pep后，>DAnjou后面的内容，没有基因ID，ANQ为他的gff3文件 3.同样也是提取完cds和pep之后，>后面内容无基因id；DL为gff文件

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老师我在解压eggnog.db.gz文件时显示失败

  • Oho 2025-03-08 09:57
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老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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docker连接不上

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老师您好，我在进行megahit组装后运行quast.py这段出现报错，查看megahit.log文件后，出现的最后一行command的信息为Exit code -15,请问这是怎么回事呢？

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10 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 11:03
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verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

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重测序分析

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IBD 计算2

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

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关于填充gap后的polish

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fastsimcoal

  • lint 2025-03-21 10:37
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xpclr绘图

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基因家族分析

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ggtree.r进化树问题

  • BJFU 2024-12-30 08:43
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老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？