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练习数据上传

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组学大讲堂的一个T2T组装培训课，在进行组装前先除去了和细胞器DNA高度相关的reads。但是我看现在大部分的文章没有特别处理细胞器的DNA，是在组装的过程中已经被除掉了吗？

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在基因组注释部分有一条命令RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5用来指定RepeatMaskerLib所在位置，那这里如果是要在自己的电脑上跑的话这里路径变量应该在哪呢

  • Nier 2025-12-25 12:20
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老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe进行比对，这里问什么不运用mem这个功能进行比对呢

  • Nier 2025-10-17 16:36
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10 您好，请问SNPT软件失效了

  • cc 2025-12-31 16:09
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docker 安装

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EMMAX进行GWAS分析时候出现问题

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老师，我想把镜像复制到自己服务器上使用，使用的是singularity run reseq.sif，为何进入容器以后软件都用不了呢，是哪里出了问题？

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在PAV分析绘制热图的时候，运行R脚本出现如下错误，请问怎么解决？这个aplot安装包安装也一直安装不了

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泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目

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基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &，显示done，但生成的vcf文件里面没有变异位点，只有个头，如截图中所示。这种问题怎么解决呢？

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叶绿体比较基因组分析你好，我组装好的Fasta文件是一条一条的，课程里重复序列和多态性分析用的示例文件是总all.fasta,我需要怎么能整合起来，一条条好像也分析不成

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在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？

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老师，您好！在变异结果注释ANNOVAR这部分里面，结果出现报错。如何解决？

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泛基因家族分析，核心基因等数量统计

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用iqtree对SNP构建系统进化树出现提示

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转录组kegg富集,deg emsembl id不存在

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docker 导入镜像

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但我后面加了$之后它先是报错没有index目录，创建之后运行不报错但没有运行结果

  • xxx 2026-01-06 14:41
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泛基因家族分析做PAV绘图时，总共20个样本，每次绘图后就剩19个