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请问pfam 模型下载选择那个是？ hmm后缀的文件还是seed 文件？

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泛基因家族分析-SV和基因表达量

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我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上，不知道哪里出错了，基因文件和gff文件没有问题

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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复

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STRING数据库映射出来的拟南芥基因号不是AT开头的

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运行自己的数据绘制Upset图，这个报错是什么原因呢？

  • halo 2025-08-27 18:27
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老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

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存在缺失分析

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组内共线性分析，为什么不能出图呢？

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smooth.value

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泛基因家族分析核心基因的确定

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老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

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合并CNV结果失败

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分别用FarmCPU和BLINK做GWAS，从Q-Q图看BLINK模型更优，但是FarmCPU曼哈顿图有峰

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泛基因家族分析绘制kaks>1频率分布的热图

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老师，我做gwas分析过程中出现这种问题，该如何解决呢？

  • Max 2025-07-09 17:50
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老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

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老师，在做蛋白预测的时候总是显示desired structure doesnot exist.