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老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

  • WHR 2024-08-15 12:30
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infercnv error in readrds(reload_info$expected_file_names[[i]]) : error reading from connection calls: <anonymous> -> readrds execution halted

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老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf转换成vcf时，发现在Lc2Ns染色体就结束完成了，这是正常现象嘛，是我使用的近源种参考基因组的原因嘛？我的是简化基因组测序的

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泛基因家族分析cds提取出现killed

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泛基因家族mkdir文件夹显示已存在，但目录里没有任何内容

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老师 我的问题能解决吗 一个月啦 说的方法我也做啦 还是没有解决 ，，回复的你测序仪是华大测序仪 已经一个星期啦 还是一点音信都没有

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07.SV_and_gene_expression中删除一些不需要的基因的表达量后文件是空的

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重测序遗传变异过滤

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怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200份数据

  • Max 2024-12-19 17:16
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老师，找结构域是否存在是怎么看呢？比如我用代码跑出来了ID，去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID，是只要他显示出来能检索到就可以吗？还是一个个查看具体的信息？我要做一个Lipoxygenase家族，但是有一些基因显示的并不是这个家族，而是另一个PLN02337 superfamily，是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗？可以这样理解吗？因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

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各位老师 您好 就是我知道啦组装基因组的gap还有端粒和着丝粒的位置和长度 我怎么将他们可视化在染色体上呀，就像下图一样。

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PASA_update时出错

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请问各位老师们，conet插件中点运行就显示错误发生是什么原因呢,并且点report出来邮箱就闪退

  • F k 2024-08-20 17:21
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20 请教一下TCGA的蛋白数据怎么理解，它是有正负值的，这个正负值代表什么意思，为什么蛋白表达会有负值？我只想给它分成高表达，低表达和表达缺失组应该怎么处理呀？

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mcmctree和cafe不显示分化时间

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AWK整理泛基因集文件出现部分问题

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3 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

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SRA下载

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老师，请问Ensembl、phytozome这两个网站没有收录我的目标物种，只有NCBI收录了，但是NCBI缺失gff基因注释文件的话，我还能有什么途径可以获得基因注释文件呢？

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你好老师，我想请问一下，有没有代码可以计算群体的多态性信息含量PIC值，观察等位基因数A，有效等位基因数Ae啊，ddRAD测序做的分析有限，想增加点分析