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基因家族分析

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SV与家族基因的保守结构域分析

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老师您好，我想问一下，一个鉴定出来的基因ID它的CDS序列开头是TAC而不是ATG,那这个基因可以保留吗

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PCA

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在基因家族筛过程CD-searcch结果中如果显示结构域N端C端或者NC端不完整，这个序列还能留做某一基因家族成员吗

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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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VCF文件按照指定的染色体排序

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老师您好，我在做物种间多线性分析时出现如下错误，希望您可以帮忙给看看，感谢！

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泛基因家族-结构分析

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转录组比对中，同源性很高的两个基因比对不正确

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轨迹分析出现killed报错

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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泛基因家族-热图

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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老师，我做泛基因家族鉴定时，06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条，请问哪里可能有问题

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老师我这里练习之前上课的内容想复制粘贴整个目录，以及创建新的文件夹都显示这个请问应该怎么办呢

  • Nier 2025-09-30 11:07
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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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泛基因家族SV分析-VCF文件

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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。