重测序额质控

我早运行重测序分析中的命令进行质控 gatk --java-options "-Xmx300g" VariantFiltration -R $REF -V $workdir/4.snp_indel/GATK/CP162209.1.recode.vcf.gz \

--filter-expression "QD < 2.0 || FS > 60.0 || MQ < 40.0 " \

--cluster-window-size 5 --cluster-size 2 --filter-name my_snp_filter -O all.raw.gatk.vcf.gz 的时候出现下面的这个问题，说是没有定义undefined variable QD 这是怎么回事？

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2 个回答

随风 1天前

我这是把用vcftools 把染色体分开了，可能是丢失了QD 值是不是？我再咨询一下，由于样本比较多，我想把这个文件把染色体分开然后并行过滤，怎么操作？

Ti Amo 1天前

需要提供CP162209.1.recode.vcf.gz截图看看是不是QD没有，正常GATK进行call SNP得vcf都有QD，vcftools分割的时候需要选择保留所有info才可以。
可以在VariantFiltration之前用SplitIntervals进行染色体分割