5 进行宏基因组分析组装这一部分,比对 reads,生成未比对 BAM 文件时很慢

运行了这个代码minimap2 -t 12 -ax sr \

  /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \

  /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \

  /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \

| samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unmap.bam -后出现下面这个,这个太慢了吧,是哪里出问题了吗

attachments-2025-10-lSSxkoiY68e8fd584ebe2.png

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1 个回答

xun - 电路元件工程师

没有出问题的,minimap相比其他软件已经快了很多了,

如果有需求或者资源充足可以调高线程数
@后面的
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  • 提出于 5天前

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