泛基因组

请问为什么在划分核心、软核心、可变和私有基因时，使用的是Orthogroups_PAV.tsv文件，而不用把每个样

本的私有基因包含进去的文件进行划分吗？

Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_classify.r -i Orthogroups_PAV.tsv \

-c 0 2 10 17 18 \

-f 'Private' 'Dispensable' 'Softcore' 'Core' \

--prefix family_class

Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_classify.r -i Orthogroups_PAV.tsv \

-c 0 2 10 17 18 \

-f 'Private' 'Dispensable' 'Softcore' 'Core' \

--prefix family_class

0 条评论
分类：基因家族分析

默认排序时间排序

1 个回答

Ti Amo 6天前

"每个样本的私有基因包含进去的文件"是哪个，是Orthogroups_UnassignedGenes.tsv吗？Orthogroups_UnassignedGenes.tsv里面都是单独的基因，这个分析不是做基因，而是在做基因家族的PAV，两个以上才有group的概念。Orthogroups_PAV.tsv来自于Orthogroups.GeneCount.tsv。

泛基因组

1 个回答

相似问题