软件fastsimcoal2输入文件说明

群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流,迁徙,分化等,这些都会对等位基因频率产生显著影响。同样,我们可以通过等位基因频率去预估这些影响种群变化的历史事件。fastsimcoal2是一个可以用来模拟种群动态历史的软件。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-08-01 14:31
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easySFS的使用

位点频谱SFS (site frequency spectrum),用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具,它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-07-20 15:10
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Seqkit,一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

重组蛋白的纯化是生物学研究中的重要技术。为了研究蛋白的特定功能和结构,研究人员必须将重组蛋白从生物体中分离并纯化。蛋白纯化方法主要利用不同重组蛋白之间的相似性和差异性。可以根据蛋白之间的相似性去除非蛋白物质,然后根据蛋白之间的差异分离纯化目标重组蛋白。在蛋白纯化的过程中,我们可能会遇到一些问题。让我们一起来看看这些问题,并探讨相应的解决方案吧!

Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

Seqtk工具地址:https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令: 操作举例: 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式; seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ(Illumina 1.3+)格式...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-26 14:20
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紧扣国自然热点--7大研究培训总有你需要的!

新的一年已经开始,正所谓春耕秋收,春天正是积累的季节,对科研人员来说选对学习的方向才能收获丰硕的成果。后基因组时代,生物科研圈最大的矛盾是:与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力...

叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-11 15:30
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基因家族分析课程更新2.0

基因家族分析课程更新2.0

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  • 发布于 2023-09-13 11:33
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轻松下载k8s.gcr.io,gcr.io,quay.io镜像

轻松下载k8s.gcr.io,gcr.io,quay.io镜像

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  • 发布于 2023-07-13 18:47
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空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

空间代谢组学(Spatial Metabolomics)是整合质谱成像(Mass Spectrometry Imaging,MSI)和代谢组学(Metabolomics)技术,对动/植物组织中代谢物的种类、含量和空间分布进行精准测定的技术,...

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  • rzx
  • 发布于 2023-05-19 15:48
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泛基因组可视化

泛基因组可视化

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  • 发布于 2023-09-07 15:18
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R安装units包报错解决方法

R安装units包报错解决方法

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-08 14:25
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R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析(GWAS)后,快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因,或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析,发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-16 15:30
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三代组装软件Flye安装及使用

三代组装软件Flye安装及使用

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  • 发布于 2023-06-30 10:41
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blastn使用方法及结果详解

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  • 星莓
  • 发布于 2023-09-20 15:19
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bedtools 对bed 文件进行排序

bedtools 对bed 文件进行排序

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-05 11:35
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叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定

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  • 发布于 2023-11-29 11:45
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trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
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双11优惠火热进行中---生信课程历年最大优惠来袭!

组学大讲堂作为专业的生信培训机构,截止到今天,共计发布60+门生物信息视频教程,涵盖基因组分析、群体研究、转录调控、癌症数据库挖掘、微生物研究、生信基础(Linux、Python、R、Perl)等方...

vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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