进化树(Phylogenetic Tree)是一种用来表示生物之间进化关系的树状图。在进化树中,每个分支点(节点)代表一个共同祖先,而每个末端的分支(叶节点)代表现存或已灭绝的物种。给进化树标定化石时间,即在进化树上标注时间点,为进化树提供了一个时间框架,便于超度量树的构建
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libpcre2-8.so.0是PCRE(Perl Compatible Regular Expressions)库的一个版本,通常用于支持正则表达式。
PERMANOVA(Permutational Multivariate Analysis of Variance)和 ANOSIM(Analysis of Similarities)都是用于分析和比较群组间多元数据差异的统计方法。它们特别适用于生态和环境科学领域,...
DockerHub镜像无法下载的解决方案
甲基化水平如何计算
非负矩阵分解(cNMF)
单细胞转录组-infer CNV拷贝数变异分析介绍
Upset 图(Upset Plot)是一种用于可视化集合间交集的图表,是传统维恩图的替代方法,特别适用于集合个数多或交集关系复杂的场景。它通过柱状图、点图和辅助条形图来直观展示集合交集的大小及分布。
LD衰减距离
在做eQTL分析时需要提供隐藏因子作为分析的部分协变量,分析中隐藏因子的引入主要是用来排除影响表达量数据的一些混淆因素,例如样本的采样环境、样本批次、其他位置因素等,这些因素视作分析中的无关因素(即一些无法测量的,但是会影响基因表达的因素),需要进行预先处理。
qsub全称为”Queue Submitter”,是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中,等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...
bowtie2 将fasta序列比对到参考基因组
R语言中%>% 作用
删除指令(rm)报错:"Directory not empty/Device or resource busy",是什么问题,如何解决
Scanpy数据结构:AnnData
单细胞数据挖掘示例代码
单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌(HCC)(GSE149614)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)
TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的,用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb (transcript database)包,有两种构建方式,一...