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19小时前 回答问题

allgene代表该物种所有基因,不管是否在你这次实验中表达,在GO某个term里的能够注释到的所有基因的数量。 DEG gene就好理解了,就是指定的比较组得到的差异基因在该GO二级节点中注释得到的基因数量。

6天前 回答问题

你好,请加本期培训班负责人微信“532812110”咨询

2019-09-11 12:06 回答问题

可以做一部分分析,有参物种(到染色体水平)常规的基因家族分析包含以下十条:     1. 搜索基因家族成员蛋白保守结构域,鉴定基因家族成员;     2. 预测基因家族成员的顺势作用元件;     3. 构建系统进化发育树、根据您提供的分组信息在进化树上进行标示;并和1个其他物种的该基因家族一起做进化树;     4. 基因家族成员MOTIF分析及绘图;     5. 绘制基因结构图绘制基因的染色体位置图;     6. 绘制基因的染色体位置图;     7. MCScanX 共线性分析基因家

2019-09-11 11:57 发表了文章

2019-09-04 14:00 回答问题

你好,三代全长转录组取样上没有特殊要求,都是液氮速冻,然后保存或者直接提取RNA,不过三代全长转录组对RNA的质量和总量要求要高很多,建议三代测序的样品让公司去提取。

2019-08-25 09:53 回答问题

重测序测的是样品的DNA,不随时间而变化,通常也不随组织部位而变化(癌变、芽变等特殊情况除外),尽量取好提取DNA的部位就行了。 转录组测的是样品的RNA,有时空表达特异性,需要根据研究目的挑选组织部位和取样时间。 在样品处理上,转录组的要求要高于重测序,毕竟RNA容易降解。建议都用液氮速冻后放到1.5ml EP管或者冻存管里,然后置于-80度冰箱(重测序样品可以放到-40度或者-20度短期保存)存放。

2019-08-12 12:04 发表了文章

2019-08-09 11:42 回答问题

有参和无参对服务器的要求差别还是挺大的,CPU方面主要是影响分析速度,预算内肯定是越强越好,不过低点也能分析。 但是在内存这一块,无参转录组的分析牵涉到组装,需要大量的内存,内存量不足就完全没法分析了。 如果既要按有参做又要按无参做的话,内存一定不能少了,建议200G以上的内存。

2019-08-02 12:30 发表了文章

2019-08-02 12:23 回答问题

计算方法简述如下: Maa 表示 aa 群体来源于 M 的深度;Paa 表示 aa 群体来源于父本的深度; Mab 表示 ab 群体来源于 M 的深度;Pab 表示 ab 群体来源于父本的深度; SNP-index(ab)=Mab/(Pab+Mab);SNP-index(aa)=Maa/(Paa+Maa)。 Δ(SNP-index)=SNP-index(aa)-SNP-index(ab)。 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的