每天学习一点点
使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图
在基因家族分析中，有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况，或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系，这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析，然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan，进行多物种的基因组共线性绘图。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-09-26 17:40
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如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇
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- 星莓
- 发布于 2024-01-11 14:09
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星莓
蛋白纯化过程中的七大常见问题详解
重组蛋白的纯化是生物学研究中的重要技术。为了研究蛋白的特定功能和结构，研究人员必须将重组蛋白从生物体中分离并纯化。蛋白纯化方法主要利用不同重组蛋白之间的相似性和差异性。可以根据蛋白之间的相似性去除非蛋白物质，然后根据蛋白之间的差异分离纯化目标重组蛋白。在蛋白纯化的过程中，我们可能会遇到一些问题。让我们一起来看看这些问题，并探讨相应的解决方案吧！
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- xiaoqin2023
- 发布于 2023-10-24 13:43
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xiaoqin2023
已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？
在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-09-14 11:29
- 阅读 ( 3123 )
xun
叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter
REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
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- 星莓
- 发布于 2023-10-11 15:30
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软件fastsimcoal2输入文件说明
群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，这些都会对等位基因频率产生显著影响。同样，我们可以通过等位基因频率去预估这些影响种群变化的历史事件。fastsimcoal2是一个可以用来模拟种群动态历史的软件。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-08-01 14:31
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Ti Amo
安生水
omicsgene
叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定
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- 星莓
- 发布于 2023-11-29 11:45
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trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数
在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
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- rzx
- 发布于 2023-12-13 10:51
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rzx
紧扣国自然热点--7大研究培训总有你需要的！
新的一年已经开始，正所谓春耕秋收，春天正是积累的季节，对科研人员来说选对学习的方向才能收获丰硕的成果。后基因组时代，生物科研圈最大的矛盾是：与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力...
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- 生信老顽童
- 发布于 2024-03-06 08:58
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生信老顽童
blastn使用方法及结果详解
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- 星莓
- 发布于 2023-09-20 15:19
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R包 CandiHap 进行单倍型分析
CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-10-16 15:30
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GST标签纯化蛋白的优劣势及常见问题解析
谷胱甘肽-S-转移酶(GST)是一个由211个氨基酸组成的大小为26kDa序列，它是另一种广泛使用的可提高靶蛋白的溶解度亲和标签。GST标签与固定化的谷胱甘肽具有亲和力，常用于原核表达。它可以与一个蛋白的N端或C端融合。 谷胱甘肽亲和是一种有效的一步纯化GST(谷胱甘肽S-转移酶)标签蛋白的方法。GST可作为一种可溶性蛋白在大肠杆菌细胞质中大量表达，并具有完全的酶活性。此外，许多在大肠杆菌中表达时不溶的真核蛋白，在表达为GST标签蛋白时被证明至少部分可溶。
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- xiaoqin2023
- 发布于 2023-09-21 13:27
- 阅读 ( 1945 )
