安装gdal报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-13 11:31
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nfs的一个缺陷

nfs的一个缺陷

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-06-06 21:17
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NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现,会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据,前者后缀是.sralite,其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢?

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  • 星莓
  • 发布于 2023-06-08 14:29
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使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

blastn使用教程及结果详解

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对

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  • 星莓
  • 发布于 2023-05-29 14:49
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提取 VCF 文件中的基因型信息

VCF 是一种常用的生物信息学文件格式,用于存储基因组中的遗传变异数据,特别是单核苷酸多态性(SNP)和小插入/缺失(Indel)等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成,可以用文本编辑器进行查看...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-06-15 15:59
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Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍,这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树(Phylogenetic tree)。 在Orthofinder结果文件中有一...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-15 17:33
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OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件,除此之外,还可以使用OrthoMCL,今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图:     1.1 (a)将所有物种的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-15 16:15
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2023年秋季线下/直播培训火热报名中!

疫情已经结束,暌违已久的组学大讲堂线下培训回归了!这个暑期,组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程。

使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

在基因家族分析中,有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况,或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系,这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析,然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan,进行多物种的基因组共线性绘图。

已知目标基因,如何进行局部共线性绘图?

在日常的生信分析中,通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下,如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找,或者在染色体上对这些基因进行定位,那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。

Dsuite软件安装时编译报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-08-21 11:13
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蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

重组蛋白的纯化是生物学研究中的重要技术。为了研究蛋白的特定功能和结构,研究人员必须将重组蛋白从生物体中分离并纯化。蛋白纯化方法主要利用不同重组蛋白之间的相似性和差异性。可以根据蛋白之间的相似性去除非蛋白物质,然后根据蛋白之间的差异分离纯化目标重组蛋白。在蛋白纯化的过程中,我们可能会遇到一些问题。让我们一起来看看这些问题,并探讨相应的解决方案吧!

软件fastsimcoal2输入文件说明

群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流,迁徙,分化等,这些都会对等位基因频率产生显著影响。同样,我们可以通过等位基因频率去预估这些影响种群变化的历史事件。fastsimcoal2是一个可以用来模拟种群动态历史的软件。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-08-01 14:31
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Seqkit,一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

泛基因组视频课程介绍

泛基因组视频课程介绍

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-09-28 16:15
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easySFS的使用

位点频谱SFS (site frequency spectrum),用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具,它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-07-20 15:10
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Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

Seqtk工具地址:https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令: 操作举例: 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式; seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ(Illumina 1.3+)格式...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-26 14:20
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叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-11 15:30
  • 阅读 ( 1624 )