trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

  • 1
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
  • 阅读 ( 4480 )

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
  • 阅读 ( 3897 )

紧扣国自然热点--7大研究培训总有你需要的!

新的一年已经开始,正所谓春耕秋收,春天正是积累的季节,对科研人员来说选对学习的方向才能收获丰硕的成果。后基因组时代,生物科研圈最大的矛盾是:与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力...

蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介: MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一,免费使用,目前认可度相对较高,可针对多种质谱数据格式(.raw、.wiff、.mzML、.mzxml)。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

  • 1
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2024-06-26 11:52
  • 阅读 ( 3673 )

不同物种基因组之间的比对与可视化

基因组比对是将两个或多个基因组的序列进行比较,以寻找它们之间的相似性和差异性。这种比对可以揭示基因组之间的演化关系、结构变化、共同的基因或 序列以及可能的功能元素。基因组比对是生物...

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2024-03-13 15:15
  • 阅读 ( 3464 )

转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-04-01 11:36
  • 阅读 ( 3423 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272     ...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2024-03-11 18:13
  • 阅读 ( 3386 )

BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-12-27 11:31
  • 阅读 ( 3349 )

单细胞RNA速率(RNA velocity)分析结果解读

单细胞RNA速率(RNA velocity)分析结果解读

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-06-18 12:20
  • 阅读 ( 3225 )

细胞通讯cellchat结果介绍

细胞通讯cellchat结果介绍

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-06-12 16:21
  • 阅读 ( 3047 )

遗传图谱中各种作图群体介绍

基因定位在动植物研究中非常重要,利用遗传图谱很多科学家定位了重要作物的重要农艺性状,例如克隆水稻分蘖基因 MOC1 的李家洋院士团队,克隆了水稻粒重基因 GW2 的林鸿宣院士团队……,还有数以...

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-03-14 18:05
  • 阅读 ( 2883 )

cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。

  • 0
  • 1
  • rzx
  • 发布于 2024-04-30 17:41
  • 阅读 ( 2587 )

monocle3分析结果解读

monocle3分析结果解读

  • 0
  • 1
  • omicsgene
  • 发布于 2024-06-12 17:08
  • 阅读 ( 2516 )

blast 中的e-value值如何理解?

对e-value值的by chance 进行解释

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-12-18 17:12
  • 阅读 ( 2194 )

Windows里MaxQuant下载与安装

MaxQuant网址:https://www.maxquant.org/

  • 0
  • 1
  • rzx
  • 发布于 2024-06-19 17:02
  • 阅读 ( 2122 )

ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具,它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网:https...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2024-06-14 15:13
  • 阅读 ( 2076 )

linux系统中docker镜像下载失败解决办法

linux系统中docker镜像下载失败解决办法

  • 0
  • 3
  • omicsgene
  • 发布于 2024-06-25 13:50
  • 阅读 ( 2021 )

LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其中的假阳性LTR...

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-04 14:29
  • 阅读 ( 2006 )