Clustal Omega多序列比对使用方法(命令行及在线网站)

Clustal Omega是欧洲生物信息研究所(EBI)开发的多序列比对排列工具,现已经完全取代了之前ClustalW的地位。最新本的omega比对准确度更高,而且速度更快,适合大规模的多序列比对。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-09-09 14:21
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下载和安装软件遇到问题:下载:Microsoft Edge通常不会下载请在打开前确保信任,安装:Microsoft Defender SmartScreen 阻止了无法识别的应用启动,存在风险。以TBtools举例

解决办法如下 Microsoft Defender Smartscreen 关掉即可下载 接下来是安装 如果遇到Microsoft Defender SmartScreen 阻止了无法识别的应用启动。运行此应用可能会导致你的电脑存在风险。...

maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

进化树美化操作详解- iTOL

绘制进化树,是科研人的基础技能之一,而一张好看的进化树图,不仅能直观得展现基因或物种间的发育进化关系,更能增加文章的观赏性,赢得审稿人的青睐。今天给大家介绍的是一款非常实用且操作简...

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  • 发布于 2022-10-12 15:53
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AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法

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主成分分析(PCA)如何计算方差解释率

我们常看到的PCA图中,每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常,求得了PCA降维后的特征向量,我们就可以绘图,但各个维度的方差解释率没有得到,就无法获得PC坐标的百分比。 (文...

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  • 发布于 2022-09-02 11:05
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序列比对Muscle和ClustalW的区别

在MEGA或其他软件中做序列比对时,往往会有align by muscle和align by clustal W两种方法,那它们有什么区别,使用时怎么选择呢?

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  • 发布于 2022-08-25 16:17
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NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

NCBI高通量测序数据下载-SRA数据库

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  • 发布于 2022-08-15 09:49
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基因组重复序列分类 转座子

基因组重复序列分类

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  • 发布于 2022-09-06 10:27
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pfam 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

蛋白质的理化性质除了用Expasy网站还能用TBtools等分析

基因家族,理化性质分析

STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析

STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析

多款软件进行vcf合并--gatk、vcftools、bcftools

链接:https://www.jianshu.com/p/116c8e4c93f4

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  • 发布于 2022-09-21 18:00
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NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件等

NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件,以及获得细胞器基因组的全部基因名称

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  • 发布于 2022-12-05 14:58
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NCBI下载SRR并转换为fastq文件

想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据,看了一些下载教程,方法各异,看完思路还是不清晰,以下记录我的操作步骤,仅供参考

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  • 发布于 2022-12-09 11:56
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pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual envir...

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  • 发布于 2022-12-05 16:42
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Win11彻底卸载WSL2系统(去除导航窗格Linux图标)

Win11彻底卸载WSL2系统(去除导航窗格Linux图标)

singularity使用基础

singularity使用

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  • 发布于 2022-11-05 20:49
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itol添加圆环分组和节点标签时位置调整

在进行iTOL绘制进化树时,需要导入分组圆环或者节点标签的配置文件。最后选择了单个文件上传,在调整好上一圈标签的位置后再导入下一个文件,这样就不会相互影响了。

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  • 发布于 2022-09-05 11:39
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使用DNA序列做主成分分析(PCA)——R语言adegenet包

提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列做主成分分析呢? 思路是先比对,之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据,用到的函数是fasta2genlight(),再进行PCA分析及绘图。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-10-31 11:33
  • 阅读 ( 1332 )