Clustal Omega是欧洲生物信息研究所(EBI)开发的多序列比对排列工具,现已经完全取代了之前ClustalW的地位。最新本的omega比对准确度更高,而且速度更快,适合大规模的多序列比对。
解决办法如下 Microsoft Defender Smartscreen 关掉即可下载 接下来是安装 如果遇到Microsoft Defender SmartScreen 阻止了无法识别的应用启动。运行此应用可能会导致你的电脑存在风险。...
maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用
绘制进化树,是科研人的基础技能之一,而一张好看的进化树图,不仅能直观得展现基因或物种间的发育进化关系,更能增加文章的观赏性,赢得审稿人的青睐。今天给大家介绍的是一款非常实用且操作简...
AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法
我们常看到的PCA图中,每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常,求得了PCA降维后的特征向量,我们就可以绘图,但各个维度的方差解释率没有得到,就无法获得PC坐标的百分比。 (文...
在MEGA或其他软件中做序列比对时,往往会有align by muscle和align by clustal W两种方法,那它们有什么区别,使用时怎么选择呢?
NCBI高通量测序数据下载-SRA数据库
基因组重复序列分类
HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法
基因家族,理化性质分析
STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析
链接:https://www.jianshu.com/p/116c8e4c93f4
NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件,以及获得细胞器基因组的全部基因名称
想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据,看了一些下载教程,方法各异,看完思路还是不清晰,以下记录我的操作步骤,仅供参考
出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual envir...
Win11彻底卸载WSL2系统(去除导航窗格Linux图标)
singularity使用
在进行iTOL绘制进化树时,需要导入分组圆环或者节点标签的配置文件。最后选择了单个文件上传,在调整好上一圈标签的位置后再导入下一个文件,这样就不会相互影响了。
提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列做主成分分析呢? 思路是先比对,之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据,用到的函数是fasta2genlight(),再进行PCA分析及绘图。