NCBI上下载参考基因组信息

有时候,常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组,比如ensembl,JGI上都没有,这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组;但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整,而且基因和染色体编号都会重新命名,用起来很麻烦;所以除非迫不得已,一般不建议从NCBI上下载参考基因组;

有时候,常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组,比如ensemblJGI上都没有,这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组;但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整,而且基因和染色体编号都会重新命名,用起来很麻烦;所以除非迫不得已,一般不建议从NCBI上下载参考基因组;

1.下载地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/


attachments-2018-10-VxAMCGnd5bc805bd68d56.jpg


如果有基因组信息,就会显示如下:



attachments-2018-10-tFSK2qGc5bc80efbb742d.jpg


2.下载其他版本,可点击如下两个地方都可以:


attachments-2018-10-fN1D750L5bc81021a713e.jpg


进入下面的这个界面,有不同组装完整的筛选,比如可把scaffold contig前面的去掉,系统会自动为我们筛选比较好的基因组,一般来说我们选择level这一列中,测序水平最高的一组。就是黑色部分占据面积最多的哈~(比如下面),size对大的一个就可以,点击Assembly列链接:



attachments-2018-10-kFqFoyWS5bc810ca2c051.jpg


点击之后,就进入下载页面:


注意,点击Download the RefSeq assemblyDownload the GenBank assembly都可以下载物种的全基因组信息,但是Download the GenBank assembly会提供RNA、蛋白的一个gff格式文件,而Refseq上没有(gff.是一个基因注释的文件,分析会用到),所以我们一般会下载Download the GenBank assembly的版本~


attachments-2018-10-K1thp5SS5bc811a88b2c7.jpg


点击Download the GenBank assembly 后界面是下面这样的:

attachments-2018-10-NtGzvRis5bc8135a0868e.jpg

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  • 发表于 2018-10-18 12:00
  • 阅读 ( 12462 )
  • 分类:软件工具

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