使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

Dsuite软件安装时编译报错

Dsuite软件安装时编译报错

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-08-21 11:13
  • 阅读 ( 2120 )

Seqkit,一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

Seqtk工具地址:https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令: 操作举例: 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式; seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ(Illumina 1.3+)格式...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-06-26 14:20
  • 阅读 ( 2038 )

叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-10-11 15:30
  • 阅读 ( 2000 )

easySFS的使用

位点频谱SFS (site frequency spectrum),用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具,它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2023-07-20 15:10
  • 阅读 ( 1873 )

trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
  • 阅读 ( 1774 )

blastn使用方法及结果详解

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-09-20 15:19
  • 阅读 ( 1703 )

R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析(GWAS)后,快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因,或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析,发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-16 15:30
  • 阅读 ( 1637 )

三代组装软件Flye安装及使用

三代组装软件Flye安装及使用

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-06-30 10:41
  • 阅读 ( 1522 )

BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-12-27 11:31
  • 阅读 ( 1433 )

vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

  • 1
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
  • 阅读 ( 1423 )

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
  • 阅读 ( 1390 )

vim显示行号、跳转到指定行或列

一、显示行号 命令模式输入 :set nu或:set number Tips:如果要设置每个打开的文件都默认显示行号,则使用vi编辑~/.vimrc文件或者/etc/vimrc文件,在该文件中加入一行set nu,保存并退出...

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-07-19 13:50
  • 阅读 ( 1332 )

TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold,需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的,一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-30 17:19
  • 阅读 ( 1265 )

按物种拆分blast本地库

按物种拆分blast本地库

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-08-15 15:23
  • 阅读 ( 1183 )

Rush:一款强大的Linux并行任务执行工具

Rush(Rapid Utilities SHell)是一款强大的并行任务执行工具,专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了,同时具备灵活性...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-06-20 14:15
  • 阅读 ( 1136 )

叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
  • 阅读 ( 1066 )

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-12-18 17:12
  • 阅读 ( 1031 )