trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

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  • 发布于 2023-12-13 10:51
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代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
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使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272     ...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-11 18:13
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蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介: MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一,免费使用,目前认可度相对较高,可针对多种质谱数据格式(.raw、.wiff、.mzML、.mzxml)。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-26 11:52
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BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-27 11:31
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转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-01 11:36
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。

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  • rzx
  • 发布于 2024-04-30 17:41
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叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-18 17:12
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
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LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其中的假阳性LTR...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-04 14:29
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Windows里MaxQuant下载与安装

MaxQuant网址:https://www.maxquant.org/

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-19 17:02
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探索基因大数据的利器——SRA Explorer

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

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  • 安生水
  • 发布于 2024-05-08 15:19
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序列的提取和截取

序列的提取是我们生物学分析的基础操作,在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-05 14:27
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ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具,它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网:https...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-14 15:13
  • 阅读 ( 1563 )

cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system

cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system,通常是由于不适配的java版本

windows安装Aspera Connect软件

windows安装Aspera Connect软件

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-22 17:29
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NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行(Command line tools)工具,datasets可以下载ncbi上的生物数据,dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-04-24 16:52
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SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-13 13:51
  • 阅读 ( 1479 )