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使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇

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  • 星莓
  • 发布于 2024-01-11 14:09
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Seqkit，一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-11 15:30
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Dsuite软件安装时编译报错

Dsuite软件安装时编译报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-08-21 11:13
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trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
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blastn使用方法及结果详解

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  • 星莓
  • 发布于 2023-09-20 15:19
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R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-16 15:30
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代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
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BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-27 11:31
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272     ...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-11 18:13
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TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-30 17:19
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按物种拆分blast本地库

按物种拆分blast本地库

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-08-15 15:23
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转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-01 11:36
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叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-18 17:12
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
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绘制HIC热图

绘制HIC热图

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  • 安生水
  • 发布于 2023-10-25 10:42
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Maxquant报错

在使用最新版本Maxquant（MaxQuant 2.4.3.0）进行蛋白质搜库的时候，点击开始之后，会弹出一个弹窗，如下： 提示.NET Core SDK需要更新。 .net core 3.1更新教程： 进入下载网址：https://do...

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  • rzx
  • 发布于 2023-08-24 11:54
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cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system

cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本