软件工具 - 热门的文章 - 组学大讲堂问答社区

Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

在群体遗传学研究中，我们常常渴望揭开不同群体之间复杂的遗传关系以及基因流动的神秘面纱。Treemix 是一款专注于推断群体间基因流的软件。它通过构建群体遗传模型，能够有效地分析群体间的遗传...

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Ti Amo
发布于 2025-04-30 10:31
阅读 ( 3791 )

让AI帮你处理数据，绘制图表！让你强到可怕！

随着DeepSeek等AI人工智能的迅猛发展，我们作为新时代的生命科学从业人员也要充分利用时代红利来辅助我们的研究。今天要给大家推荐2场超实用的直播小课-《让AI帮你绘图》和《让AI帮你处理数据》...

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红橙子
发布于 2025-04-16 20:39
阅读 ( 2745 )

AI写代码之批量设计引物

我们拿到一段序列之后想要设计引物通常会使用ncbi或者是primer3工具，而这些工具的在线版本都只能一个一个序列去设计，比较耗费时间，最好是使用本地版。在这里我让AI告诉我怎么做，只要阐述清...

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Ti Amo
发布于 2025-03-17 17:40
阅读 ( 2716 )

deepseek绘图之--FPKM小提琴图

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安生水
发布于 2025-05-14 09:24
阅读 ( 2296 )

AI助手帮我解决如何修改kvm虚拟机root密码

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安生水
发布于 2025-03-27 15:16
阅读 ( 2132 )

GATK配置问题的解决

GATK是我们重测序流程中经常使用到的软件，他的下载比较简单，但是今天在配置的时候出现了一点小问题下载 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/archive/refs/tags/4.6.2.0.tar.gzta...

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Ti Amo
发布于 2025-04-23 15:15
阅读 ( 1844 )

ai助手帮我构建新的qiime2分类器

在挖掘数据的时候发现有的数据用的是v2版本的,我手里只有全长的和v3-v4的,全长效果没那么好感觉,但是我好久没有看过qii2相关的东西了,有点忘了,刚好最近ai很火,我就尝试用ai帮我构建,过程如下...

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xun
发布于 2025-03-28 09:58
阅读 ( 1764 )

使用AI批量统计fastq文件的测序量

我的文件夹下面几十个样本的双端测序数据，需要进行数据量的统计，让AI帮我批量编写代码整理一下

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每天学习一点点
发布于 2025-04-02 14:26
阅读 ( 1761 )

ai助手帮我画环形堆叠柱状图

前两天看文章里面有一个很漂亮的环形堆叠柱状图,但是我懒得查资料,所以我尝试让ai帮我画一下结果如下,这个是完整的链接 https://www.cici.com/thread/w0ed44c9006bd080c 还是可以的...

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xun
发布于 2025-03-28 11:03
阅读 ( 1754 )

AI助手帮我解决如何修改kvm虚拟机内存大小

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安生水
发布于 2025-03-27 14:57
阅读 ( 1669 )

cactus下载

不同物种构建泛基因组的时候需要用到Progressive Cactus 参考文章：Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomic 下载：软件github：https://github.com/Comp...

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Ti Amo
发布于 2025-08-07 11:15
阅读 ( 768 )

cactus报错：Failed to get attribute: partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows from cactus XML

报错：运行cactus-pangenome的时候报错： [MainThread] [I] [toil-rt] cactus_consolidated:ERROR: ERROR: Failed to get attribute: partialOrderAlignmentProgressiveMaxRows from cactus...

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Ti Amo
发布于 2025-07-07 17:09
阅读 ( 755 )

孟德尔随机化(MR)

前面的文章中我们给大家介绍过eQTL和sQTL的概念, 大体总结一下，eQTL是指基因组上的一些突变可以改变相关基因的表达，sQTL是指这些突变同时也会导致可变剪接的差异,实际上这两个都是归于一个叫...

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xun
发布于 2026-01-05 17:41
阅读 ( 213 )

STAR构建基因组索引报错

报错提示： Fatal LIMIT error: the number of junctions to be inserted on the fly =1412348 is larger than the limitSjdbInsertNsj=1000000Fatal LIMIT error: the number of junctions to...

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rzx
发布于 2025-12-30 09:22
阅读 ( 157 )

PfamScan运行报错：FATAL: error running translate (usage: translate [-h] [-d DEST] [-s SRC] [-c] text

报错原因： PfamScan运行的时候会调用hmmer的translate，而在我环境中默认是python下面的translate 解决办法： export PATH=/biosoft/hmmer/squid/:$PATH

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Ti Amo
发布于 2026-01-08 13:25
阅读 ( 98 )

python版本xpclr报错

报错内容： ImportError: cannot import name 'romberg' from 'scipy.integrate' 可以看一下，基本上是这个脚本的第六行存在调用： ~/biosoft/conda/miniconda3/lib/python3.12/site-package...