在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...
简介: MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一,免费使用,目前认可度相对较高,可针对多种质谱数据格式(.raw、.wiff、.mzML、.mzxml)。且内置了自己的肽段搜索引擎-...
转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。
叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
在对基因组进行评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其中的假阳性LTR...
MaxQuant网址:https://www.maxquant.org/
探索基因大数据的利器——SRA Explorer
序列的提取是我们生物学分析的基础操作,在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。
ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具,它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网:https...
cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system,通常是由于不适配的java版本
windows安装Aspera Connect软件
datasets和dataformat是NCBI的命令行(Command line tools)工具,datasets可以下载ncbi上的生物数据,dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...
在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...