使用evolview美化进化树

使用evolview美化进化树

1.evolview地址及使用

进化树美化,evolview官方地址:http://120.202.110.254:8280/evolview  要求使用以下浏览器打开,不支持IE浏览器和360浏览器:

attachments-2019-01-k0TEXldX5c343af1314b5.jpg官方说明文档地址:https://github.com/evolgeniusteam/EvolviewDocumentation


2 进化树美化

Evolview进化树美化的初级使用可参考:https://www.omicsclass.com/article/590,示例进化树:WRKY_domain_confirmed.nwk

2.1 进化树分支添加颜色

可点击以下方箭头处添加分支颜色,可点击下图红框框处查看官方详细配置说明:

attachments-2019-01-VYS3Wbbh5c343c49a0a4a.jpg

然后在配置文件里面输入,需要添加颜色的分组信息,如下:

AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue ad
AT4G01250.1,AT4G31550.1 red ad
AT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad

第一列为,从一个基因到另一个基因之间,表示范围;第二列,为设置颜色,最后一列 ad表示为所有枝设置颜色;列和列之间注意用tab分隔开;

attachments-2019-01-PQpHlxpq5c3456429f33f.jpg

然后提交,就可以得到进化树分支颜色设置后的进化树:

attachments-2019-01-UMaZasY65c3456bc05c7c.jpg


2.2 进化树设置分支label的颜色等

设置标签颜色,详细方法参考:https://www.omicsclass.com/article/631可点击下图红框框出查看官方详细配置说明:

attachments-2019-01-yzJ8XCW55c3459951d3f5.jpg


这是设置的配置文件内容如下 ,与分支颜色设置相似,也支持单独基因设置颜色(最后一行);点击红色箭头处,然后将以下内容粘贴上去:官方配置说明

AT4G31550.1,AT4G01250.1 red ad
AT2G30250.1,AT2G04880.1 blue ad
AT1G80840.1 yellow

提交之后的结果:

attachments-2019-01-ij9iZYlS5c345ca730f45.jpg

2.3 进化树设置分支label的背景颜色设置

设置背景颜色可看:https://www.omicsclass.com/article/630

attachments-2019-01-bQGnmGR35c345d54eb176.jpg

可点击上图图红框框处查看官方详细配置说明;配置文件如下:官方说明

AT4G01720.1,AT1G55600.1 red ad
AT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad

设置之后结果:

attachments-2019-01-CYS2JgCF5c345daeb4550.jpg


2.4 进化树添加星号标签

设置星号标签可看:https://www.omicsclass.com/article/664


attachments-2019-01-RqPwdZ5W5c345e2d670a3.jpg

设置参数如下,第一列为基因的ID,后面为设置形状以及颜色,上图图红框框处查看官方详细配置说明。详细说明见官方文档

AT4G01250.1 triangle,red:red
AT3G58710.1 triangle,red:red
AT1G29280.1 triangle,red:red
AT2G34830.1 triangle,red:red
AT1G30650.1 triangle,red:red
AT5G52830.1 triangle,red:red
AT4G23550.1 triangle,red:red
AT2G21900.1 triangle,red:red
AT5G45050.1 triangle,red:red
AT2G30590.1 triangle,red:red
AT2G24570.1 triangle,red:red
AT3G04670.1 triangle,red:red
AT2G23320.1 triangle,red:red
AT5G28650.1 triangle,red:red
AT4G24240.1 triangle,red:red
AT4G31550.1 triangle,red:red
AT2G04880.1 star,blue:blue
AT5G56270.1 star,blue:blue
AT4G26440.1 star,blue:blue
AT3G01080.1 star,blue:blue
AT4G12020.1 star,blue:blue
AT2G03340.1 star,blue:blue
AT4G26640.1 star,blue:blue
AT1G13960.1 star,blue:blue
AT2G37260.1 star,blue:blue
AT2G38470.1 star,blue:blue
AT5G07100.1 star,blue:blue
AT2G30250.1 star,blue:blue


结果如下:

attachments-2019-01-fz7e8OMS5c345e92735ec.jpg

2.5 进化树分组圆环

添加分组圆环,设置按钮如下:

attachments-2019-01-Ujnwup9l5c345ef42b870.jpg

设置文件说明,官方详细说明:DatasetGroupLabel.md


!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2
AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4
AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashed
AT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16

说明如下,带!号的行为全局变量,也就是默认设置参数;其他第一列用,号隔开表示范围,空格之后为各种group分组圆环的显示方式:text为分组名称,fontcolor为字体颜色,linewidth圆环粗细,textorientation控制分组名称对齐样式。


attachments-2019-01-qiFbkzus5c34619964966.jpg


2.6 进化树批量修改基因名字

有时候我们想批量重命名基因的名字,可参考iTOL使用:https://www.omicsclass.com/article/604,然后导出nwk格式的文件再到evolview中编辑。

2.7 进化树bootstrap值修改参考

可参考:https://www.omicsclass.com/article/625



最后来一个组合图,看看设置的效果,当然我只是教大家如何使用,美观度上还是不足,见谅:

attachments-2019-01-o0pffx985c346358144bb.jpg

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  • 发表于 2019-01-08 13:54
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  • 分类:软件工具

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