每天学习一点点
用seqtk随机提取指定数目的序列
如果数据测多了，我们可以使用seqtk对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。
- 0
- 0
- 每天学习一点点
- 发布于 2024-08-27 17:43
- 阅读 ( 1127 )
SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct
SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2024-07-25 15:37
- 阅读 ( 1125 )
xun
基于 gff 文件构建 TxDb 包
TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的，用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb （transcript database）包，有两种构建方式，一...
- 0
- 0
- 安生水
- 发布于 2024-05-15 16:41
- 阅读 ( 1120 )
安生水
单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）
单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2024-06-11 17:24
- 阅读 ( 1107 )
omicsgene
biom格式的文件如何转化
biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2024-07-23 15:29
- 阅读 ( 1091 )
libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错
libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错
- 0
- 0
- 安生水
- 发布于 2024-08-22 15:05
- 阅读 ( 1068 )
eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”
解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题
- 0
- 0
- 每天学习一点点
- 发布于 2024-06-30 09:52
- 阅读 ( 1021 )
安装R包报错 fail to lock directory
这个错误通常发生在尝试使用R的install.packages函数安装新的包时。错误信息"fail to lock directory"意味着R不能锁定用于安装包的目录，这通常是因为之前的安装进程没有正确完成，导致锁文件（一个隐藏的文件，用于防止同时写入目录）仍然存在。
- 0
- 0
- 每天学习一点点
- 发布于 2024-10-29 17:32
- 阅读 ( 1012 )
IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能
“ 2023年9月 BMC (BioMed Central)发表了一篇题为“Meta-analysis identifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived b...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2024-11-12 18:10
- 阅读 ( 991 )
group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件
如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组，然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是否满足特定条件并进行过滤。
- 0
- 0
- 每天学习一点点
- 发布于 2024-08-07 10:46
- 阅读 ( 980 )
