分分钟教你绘制基因结构图!GSDS

今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server,简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构,清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制...

今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server,简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构,清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图,展现基因结构与系统进化关系。

地址:http://gsds.gao-lab.org/    ,点开就能使用,再也不用担心画图了!

如果网站打不开可看这里:https://www.omicsclass.com/article/1308

打开这个工具,它的界面如下:

attachments-2018-04-6JUXxdAY5adc696e36f2b.1、输入数据类型

绘图的输入文件有四种类型的数据可选:

BED :大家可以在基因组GFF文件筛选基因的这些信息,第一列是基因ID,第二列是起始位置,第三列是终止位置,第四列是基因在这个位置是外显子还是UTR,第四列是注释信息,第四列可以不要

GenBank Accession Number or GI:可以从GenBank获得,要注意的是你输入的Accession Number or GI必须包含有mRNA序列

GTF/GFF3:基因注释文件(包含基因的结构信息,具体信息可以自行百度,有详细解释),可以在数据库中下载基因组的GFF文件,筛选出你的基因注释信息

Sequence (FASTA):第一个框里存放基因的CDS序列,第二个框里存放基因的完整序列,可以在NCBI数据库下载,或者在基因组数据中搜索需要ID的序列

这里推荐BED格式数据,数据格式简单,可以在基因组GFF文件筛选基因的这些信息 ,

attachments-2018-04-Pi4vlKOQ5add457cae10c.jpg

2、绘图及图片的修改和保存

选中一个数据类型,点击Example,就会显示一个该类型数据的例子,可以将自己的数据直接复制粘贴到下图框里,或者直接选择存放数据的文件导入数据。

attachments-2018-04-IWNgBakg5add45906dd10.jpg

数据输入后点击右下角的Submit就会跳转到结果页面。如果想保存这张图片,右下角有三种图片保存类型。选中你想要保存的图片格式,例如你想保存图片为PNG格式,单击PNG就会弹出一个图片界面。

下图为弹出的图片页面,右键网页另存为就会弹出一个框,输入图片名字点击保存就可以了

attachments-2018-04-iBtCd0FA5adc6a5b03d5f.

如果你觉得网站的颜色不好看,你可以改变这些位点的颜色,例如想修改代表CDS的形状的颜色,点击左下方Color后面的黄色的框,就会弹出一个选颜色的界面,在Solid Color界面选取颜色,点击OK就会又回到结果的界面,再点击图片左下方的Redraw,所有代表CDS的形状就会变成你选择的颜色。


attachments-2018-04-D5rNv2CV5add468ddc572.jpgattachments-2018-04-WOGkwruj5add4699f3f0e.jpg

3、添加其他信息绘图

基础功能就讲完了,说好的功能强大呢!不要慌,下面给大家介绍两个延伸功能。第一是能将进化树跟基因结构结合在一起,第二除了进化树和基因结构还能添加基因的其他结构信息例如motif或者是domain

首先我们将进化树跟基因结构结合在一起,先导入基因结构数据文件,点击下图绿色数据框所在的位置,就会延伸出一个输入数据界面,输入构建进化树时生成的nwk文件(注意:进化树文件中的ID必须要与基因结构数据里的ID一致),点击Submit就能生成图片,图片的保存与修改参照上面方法。

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如果你还想在图片里显示基因的其他信息例如motif或者是domain,点开Other Features,输入数据,第一列是ID,第二三列分别是这个位点的起始、结束,第三列是这个位点的名称,例如motif1或者domain的名称,点击Submit绘图。

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大功告成,又是一张好看实用的图片。


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  • 发表于 2018-04-22 18:59
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  • 分类:软件工具

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landy
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