blast报错

在刚开始按官网教程(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/)学习使用blast时,经常会遇到程序报错

在刚开始按官网教程(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/)学习使用blast时,经常会遇到程序报错,例如:

直接复制粘贴官网的代码并执行:

makeblastdb –in mydb.fsa –dbtype nucl –parse_seqids

总会有如下错误提示:

USAGE
  makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]
    -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids]
    [-hash_index] [-mask_data mask_data_files] [-mask_id mask_algo_ids]
    [-mask_desc mask_algo_descriptions] [-gi_mask]
    [-gi_mask_name gi_based_mask_names] [-out database_name]
    [-max_file_sz number_of_bytes] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID]
    [-taxid_map TaxIDMapFile] [-version]
DESCRIPTION
   Application to create BLAST databases, version 2.4.0+
Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments
========================================================================
Error: Too many positional arguments (1), the offending value: –in
Error:  (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: –in
多次修改尝试,结果都是如此。直到有一次手动输入命令时,才没有报错。仔细比对才发现官网命令和手动输入命令的参数名称前面的小横杠有细微差异(官网:,手工输入:-)。所以,只需要修改横杠即可。

因此不能直接粘贴官网的命令,需要手动修改命令的参数名称前面的小横杠哦~

  • 发表于 2018-07-06 15:00
  • 阅读 ( 10508 )
  • 分类:软件工具

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安生水
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