SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct
SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...
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- xun
- 发布于 1天前
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xun
RunUMAP函数报错,
执行降维分析的函数,umpa的时候报错 brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30) 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function '...
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- xun
- 发布于 1天前
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安生水
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)
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- omicsgene
- 发布于 2天前
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omicsgene
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)
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- omicsgene
- 发布于 2天前
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-癌（NSCLC）(GSE127465)
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- omicsgene
- 发布于 3天前
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biom格式的文件如何转化
biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...
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- xun
- 发布于 3天前
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)
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- omicsgene
- 发布于 4天前
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)
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- omicsgene
- 发布于 4天前
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R语言跑循环，如何跳过报错信息？
当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-07-12 17:50
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每天学习一点点
add a Convex Hull with module
有的文章会在模块化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 library(ggforce) 主要是加了最后一行,的geom_mark_hull...
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- xun
- 发布于 2024-07-11 09:20
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给进化树标定化石时间
进化树（Phylogenetic Tree）是一种用来表示生物之间进化关系的树状图。在进化树中，每个分支点（节点）代表一个共同祖先，而每个末端的分支（叶节点）代表现存或已灭绝的物种。给进化树标定化石时间，即在进化树上标注时间点，为进化树提供了一个时间框架，便于超度量树的构建
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- Ti Amo
- 发布于 2024-07-10 17:43
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Ti Amo
对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？
我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候，需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-07-05 14:39
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无法访问zenodo
多个浏览器均无法访问zenodo网站 解决方法： 1. 找到ip：188.185.79.172 查询ip的网址：站长工具 - 站长之家 (chinaz.com) 2. 进入C:\WINDOWS\system32\drivers\etc，修改host权限 3、...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-07-02 15:58
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空间转录组数据预处理
空间转录组简介 空间转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk...
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- xun
- 发布于 2024-07-02 15:56
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eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”
解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-06-30 09:52
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