eQTL结果使用coloc共定位分析
共定位分析（Colocalization Analysis）之前有提到过,它是一种统计方法，旨在确定GWAS识别的与复杂性状或疾病相关的遗传变异位点是否与xQTL共享相同的因果变异。这种分析帮助揭示GWAS信号的潜在...
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- xun
- 发布于 5天前
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xun
omicsgene
Ti Amo
IF=4.2 | 杏黄李关键耐寒代谢途径的转录组代谢组联合分析
IF=4.2 | 杏黄李关键耐寒代谢途径的转录组代谢组联合分析
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- 安生水
- 发布于 2026-01-29 18:30
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安生水
python版本xpclr报错
报错内容： ImportError: cannot import name 'romberg' from 'scipy.integrate' 可以看一下，基本上是这个脚本的第六行存在调用： ~/biosoft/conda/miniconda3/lib/python3.12/site-package...
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- Ti Amo
- 发布于 2026-01-21 15:57
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)
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- omicsgene
- 发布于 2026-01-13 14:21
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE131907)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE131907)
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- omicsgene
- 发布于 2026-01-13 14:05
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gsea-msigdb 数据下载
进行gsea分析的时候需要gmt文件，需要到官网进行下载。官网需要注册一下才可以进行下载。 官网网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp 直接进入http://www.gsea-msigdb.org/gsea/d...
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- Ti Amo
- 发布于 2026-01-09 15:33
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PfamScan运行报错：FATAL: error running translate (usage: translate [-h] [-d DEST] [-s SRC] [-c] text
报错原因： PfamScan运行的时候会调用hmmer的translate，而在我环境中默认是python下面的translate 解决办法： export PATH=/biosoft/hmmer/squid/:$PATH
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- Ti Amo
- 发布于 2026-01-08 13:25
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孟德尔随机化(MR)
前面的文章中我们给大家介绍过eQTL和sQTL的概念, 大体总结一下，eQTL是指基因组上的一些突变可以改变相关基因的表达，sQTL是指这些突变同时也会导致可变剪接的差异,实际上这两个都是归于一个叫...
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- xun
- 发布于 2026-01-05 17:41
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宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法
宏基因组的基因组binning（分箱，即将测序数据中的reads或contigs分类到不同的基因组中）是一个关键步骤, 常用的软件是2018发表的metawrap,但是他一直没有更新, 这篇文章将介绍一个较新的binnin...
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- xun
- 发布于 2026-01-05 17:33
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LeafCutter可变剪切注释
目前主流的探究转录组数据的可变剪切的算法是基于estimate isoform ratios 或者 exon inclusion levels ,但是可变剪切本跟正常转录本重合的比例很大，存在技术误差也，且他依赖于基因现有的注释...
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- xun
- 发布于 2026-01-05 17:27
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