已知目标基因,如何进行局部共线性绘图?

在日常的生信分析中,通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下,如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找,或者在染色体上对这些基因进行定位,那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。

泛基因组视频课程介绍

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  • 发布于 2023-09-28 16:15
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泛基因组可视化

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  • 发布于 2023-09-07 15:18
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不同物种基因组之间的比对与可视化

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  • 发布于 2024-03-13 15:15
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jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

如何使用jcvi通过调整相关文件参数展示局部共线性情况

基因组组装质量评估

大量基因组的公布为科研工作者提供了更多资源,组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量,而常用的N50指标并不能全方位展示整个基因组的质量,那么如何才能检验一个基因组组装结果的可靠性呢?

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  • 发布于 2023-10-11 11:06
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二倍体杂合基因组组装策略

在基因组组装过程中,我们常常碰到一些复杂的基因组,例如高杂合度、高重复、多倍体或者是基因组本身庞大等情况,而一般大基因组都是伴随着高重复和多倍体的。对于高重复,最佳的方案是测序读长...

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  • 发布于 2023-11-08 14:08
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VG 泛基因组call 变异

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  • 发布于 2023-08-29 12:09
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MUMmer + SVMU : CNVs

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  • 发布于 2023-08-28 11:47
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  • 发布于 2024-03-13 15:14
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BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

今天给大家分享一篇基于26个玉米泛基因家族文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”