利用Python对植物基因组注释信息进行处理,使其规范化,方便后期数据处理,刚刚学习Python大家如果对程序有什么改进欢迎交流沟通,一起进步
基因家族鉴定分析总结
3-5分蛋白质组学文章思路!
做转录组实验,发转录组文章,你不得不知道的20个基本知识点。
endnote 文献插入出现大括号,不自动更新解决办法
筛选基因
Mapchart是Windows系统下,进行基因在染色体上定位图片绘制的工具,主要是针对遗传连锁图和QTL。区别于遗传图谱中遗传距离,我们这里直接可以得到基因在染色体上的物理位置信息,也可以利用Mapchart画图。
在组学大讲堂之前的一篇微信文章:关注的功能基因集在转录组结果中表现如何?中,跟大家介绍了GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法,在对...
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。
谷歌学术搜索可以用了
今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server,简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构,清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制...
群落分析的冗余分析(RDA)概述
使用evolview美化进化树
有时候,常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组,比如ensembl,JGI上都没有,这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组;但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整,而且基因和染色体编号都会重新命名,用起来很麻烦;所以除非迫不得已,一般不建议从NCBI上下载参考基因组;
在刚开始按官网教程(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/)学习使用blast时,经常会遇到程序报错
细胞转染是指将DNA或RNA导入真核细胞中,用于研究基因功能和蛋白表达分析等,基本上现在每个实验室都会用到。
Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较,也就是样品间的差异,详细介绍beta多样性结果内容及意义。
ANNOVAR人类各个数据库变异注释结果表格说明,SnpEff
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器,具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能,普遍存在于真核自养生物中,尤其是藻类和陆生植物,其基因组可自主遗传。叶绿体基因组序列对于研究植物物种起源,进化演变及不同物种间的亲缘关系等具有重要意义。
ED和snp-index是进行BSA基因定位时最常用的算法,本文简述了两者的区别。