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Python学习-利用Python对植物基因组注释文件（gff3格式）进行处理

利用Python对植物基因组注释信息进行处理，使其规范化，方便后期数据处理，刚刚学习Python大家如果对程序有什么改进欢迎交流沟通，一起进步

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  • 发布于 2019-02-11 19:51
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快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

3-5分蛋白质组学文章思路！

如何用R筛选出高表达的基因，低表达基因

筛选基因

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-05-03 18:31
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endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

endnote 文献插入出现大括号，不自动更新解决办法

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-27 17:53
  • 阅读 ( 19679 )

20个转录组基本知识点-你必须知道！

做转录组实验，发转录组文章，你不得不知道的20个基本知识点。

Mapchart绘制基因染色体位置图

Mapchart是Windows系统下，进行基因在染色体上定位图片绘制的工具，主要是针对遗传连锁图和QTL。区别于遗传图谱中遗传距离，我们这里直接可以得到基因在染色体上的物理位置信息，也可以利用Mapchart画图。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-30 18:38
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GSEA法基因功能富集分析原理详解！

在组学大讲堂之前的一篇微信文章：关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？中，跟大家介绍了GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对...

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  • landy
  • 发布于 2018-06-25 18:16
  • 阅读 ( 22580 )

谷歌学术搜索可以用了（免费，不用翻墙）google scholar

谷歌学术搜索可以用了

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  • omicsgene
  • 发布于 2020-02-18 20:37
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微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！

在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-20 19:31
  • 阅读 ( 41216 )

NCBI上下载参考基因组信息

有时候，常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组，比如ensembl，JGI上都没有，这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组；但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整，而且基因和染色体编号都会重新命名，用起来很麻烦；所以除非迫不得已，一般不建议从NCBI上下载参考基因组;

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-10-18 12:00
  • 阅读 ( 29644 )

学姐总结：细胞转染全过程详解，一看就会！

细胞转染是指将DNA或RNA导入真核细胞中，用于研究基因功能和蛋白表达分析等，基本上现在每个实验室都会用到。

基因家族鉴定分析操作手册：

基因家族鉴定分析总结

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-10-29 18:10
  • 阅读 ( 84142 )

基因家族分析--低成本SCI文章思路

生物信息发展迅猛，公共数据库中存放着海量的数据，如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI？基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊...

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  • landy
  • 发布于 2018-05-07 15:07
  • 阅读 ( 8306 )

分分钟教你绘制基因结构图！GSDS

今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制...

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  • landy
  • 发布于 2018-04-22 18:59
  • 阅读 ( 39329 )

从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据

用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据，更快更稳定！

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-22 14:37
  • 阅读 ( 14869 )

qRT-PCR相对定量计算详解 qPCR

实时定量PCR也转录组结合，计算表达量等等；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-09-20 20:11
  • 阅读 ( 72930 )

重磅！2018年最新期刊分区变动（1-4区）+2018影响因子汇总表-生命科学类免费下载

Excel表包含信息有：期刊全名、简写名、（2018及2017年）中科院分区、影响因子、学科分类、SCI/SCIE、投稿难易程度、审稿周期及期刊主页链接；并通过红、绿两种颜色来区分升级和降级期刊，期刊分区变化一目了然！进来下载！

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  • 红橙子
  • 发布于 2018-06-29 22:09
  • 阅读 ( 17544 )

NCBI检索叶绿体基因并快速下载

叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。叶绿体基因组序列对于研究植物物种起源，进化演变及不同物种间的亲缘关系等具有重要意义。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-18 08:52
  • 阅读 ( 7046 )

看懂变异记录结果文件（VCF）

做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了全基因组的变异信息，如果不懂VCF文件就无法进行后续分析。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-20 19:29
  • 阅读 ( 14952 )

Beta多样性分析

Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较，也就是样品间的差异，详细介绍beta多样性结果内容及意义。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-20 19:25
  • 阅读 ( 9983 )