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老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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想请教一下 cds.TEM 数据 ，然后也得到了cds里的名和KO0001表对应好的eggNOG里的表。想变成 KO0001-样本 的丰度数据表，应该怎么操作，合并KO0001的丰度？

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老师，想用ka/ks值画一个热图，而不是筛选大于1的基因做热图，请问如何修改代码及脚本？

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泛基因，运行代码时出现错误

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老师，结构变异的基因注释；建立注释库后，运行结果出错，如下图；提取结构变异信息时，我提取了一个样本的tsv的染色体，起始，终止，0，0；运行#注释的代码，生成的外显子文件为0；请问应该如何操作？PsbM是参考基因组，PsbF为一个样本

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代谢组数据正态检验

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我鉴定的家族成员的基因ID和已经发表文献的基因ID不一样，如何让两者对应起来？下图左侧是文献中的基因ID，右侧是我鉴定出来的基因ID，数量一致。

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老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

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Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r -i pvalue_$m.txt -F $FAI -T Sugar_$m -n Sugar_${m}_manhattan -c 1.3e-6绘制曼哈顿图时，输入这段代码后，报错，显示颜色数量不足，怎么解决

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请问单倍型分析一直显示错误怎么办

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老师，请问tbtool安装之后，用不起。无论点不点确定都不行，咋整？

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在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

  • John 2025-03-12 15:32
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老师，我看课程里有这一步，但没讲解后面的C是干什么的，也看不太清C前面上角那个符号是打的啥怎么打上去的

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braker注释结果有问题

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在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时，程序居然报错UnKnow argument -PointSize，请问这是怎么回事呢，如何解决呢？请组学大讲堂的老师麻烦回答一下！谢谢！

  • John 2025-03-12 16:57
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我用Evolview做了一个进化树加热图的图，我怎么把图例里面的白色对应刻度0啊

  • 2025-02-10 22:30
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请问这个是中间文件吗，注释成功后，就可以删除掉，节约空间，是吗？

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我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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请问这样的QQ图说明GWAS结果是否合适的呢？