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cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

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进化树制作，背景我设定的只是一段，为什么提交之后全部基因都有背景。

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请老师帮忙解答，运行的构建泛基因组图谱的代码，生成的文件比视频中少很多

  • Oho 2025-04-27 12:19
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perl $scriptdir/vcf2hmp.pl all_clean.vcf.gz hapmap.txt.gz始终显示找不到脚本，但脚本在我设置的路径中，不知道该怎么解决

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run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess clean.sorted.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这条代码跑不出来，报错原因如图所示，

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老师您好，有两个基因家族的PFAM号是一样的，是不是代表可以归类为一个基因家族

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染色体定位 单位如何标识？用mapchart如何标识标尺单位。

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您好老师，我想咨询一下plink 软件core dumped报错

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IBD 计算2

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基因家族分析之基因结构分析

  • 荣 2025-04-16 23:03
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进行GTDB注释时报错，报错信息为缺少参考基因组

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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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老师，保留最长转录本中，过程文件出现了take into account

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老师 就是在做群体structure分析的时候，clean.vcf.gz文件是下面这中格式，代码需要怎么修改啊，您看一下谢谢，

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共线性分析，请问layout内容问题在哪里？

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老师，我现在在学习泛基因组分析，研究物种是梨；现已找到13个基因组，那我在基因家族鉴定的时候用13个基因组；而泛基因集的构建我需要选择几个？

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泛基因家族分析，Ka/Ks分析

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老师，cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

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请问老师，我已经成功在docker挂载我自己的基因组文件了，和01dataprepare前几个步骤一模一样，但是最后链接到01dataprepare的文件还是红色的无法打开

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蛋白3D结构预测