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nextpolish报错

  • _He. 2025-07-08 01:11
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我让生物公司测一个莱甲的基因组，挂载的时候他们挂载6条染色体，但是我核型检测是13对染色体，挂13个的hic热图效果不如挂6个的图好，这种情况怎么处理呢

  • Nier 2025-09-07 10:21
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老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

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ALLHIC1挂载出现问题

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老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而且只有embplant_pt.K105.scaffolds.graph1.1.path_sequence.fasta，没有1.2， 这是什么问题呀

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老师，想问一下您，用blastp方法做基因家族成员鉴定时，鉴定到了51个成员，其中有几个成员的蛋白序列相似性大于98%，但是位于不同染色体上，这种是否需要删除多余的，只保留一条就够了？

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借助转录组辅助基因组注释

  • _He. 2025-10-19 23:21
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老师您好，在做比较基因组提取CDS、蛋白序列和最长转录本时候，提取出的文件是空的，这是什么原因，请老师解惑

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hic挂载时，选用那个内切酶

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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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在基因家族筛过程CD-searcch结果中如果显示结构域N端C端或者NC端不完整，这个序列还能留做某一基因家族成员吗

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

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10 在做HIC PRO,如果是双酶切。 那ligation site应该怎么写

  • 2025-11-12 15:28
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老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

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老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

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PGGB泛基因组报错