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老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去，不用再建文件夹下载了，然后一步步做Rstudio的操作么，我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器？

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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docker加载镜像报错

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你好，

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老师，这个筛选步骤每个基因组只有一个基因，后面提取可靠基因家族成员的蛋白全长序列正常，提取可靠基因家族成员的结构域序列这一步也是只有一个，是我前面的步骤出错了么，筛选前还一切正常，

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老师，这是我做出来的PAV热图，每个基因都是物种独有的，这个PAV热图效果是不是不好，这个PHY家族是否合适继续研究，没办法做聚类分析这些了

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老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

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卸载重装后docker后为啥docker pull omicsclass/organelle-assembly:v1.0怎么下载不了这个镜像了

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我让生物公司测一个莱甲的基因组，挂载的时候他们挂载6条染色体，但是我核型检测是13对染色体，挂13个的hic热图效果不如挂6个的图好，这种情况怎么处理呢

  • Nier 2025-09-07 10:21
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老师，您好！请问做全基因组选择（GS选择）之前，训练集和预测集的划分，有没有代码可以按照特定比例，随机快速实现材料的划分，并生成文件？（比如20%个体作为训练集，80%个体作为预测集；40%个体作为训练集，60%个体作为预测集；60%个体作为训练集，40%个体作为预测集；80%个体作为训练集，20%个体作为预测集，等等）

  • 2025-08-08 16:14
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用ALLHIC挂载时，划分Group出现问题

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老师 就是我在做比较基因分析的时候生成的bed文件是空的 这是什么问题呀

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老师你好，我用全长序列进行比对构建进化树时，发现许多序列的长度长短不一，这样可以用吗？ 感谢老师答疑

  • 2025-04-03 10:41
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你好，提取CDS序列时，出现错误，怎么解决

  • 2025-04-01 14:33
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使用lordec 利用二代数据校正三代数据

  • yy 2025-02-26 10:53
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老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

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linux终端如何打开一个应用的GUI

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omicsclass/ampliseq-q1这个镜像没有了吗

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R环境出现报错

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您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复