老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

我是把txt文件转成list文件然后上传到check里的，生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，应该不是这的问题吧，这几步就这个还没检查

grep -f ./check/${ind}.FAE1gene.list ${ind}.FAE1_hmmerOut.cut_e_len.txt > ${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt这是用的代码，之前生成的文件都正常，今天想手动生成{ind}.domain_final.bed也不行了，这个问题还可以怎么解决么，卡在这里半个月了

0 条评论

默认排序时间排序

1 个回答

rzx 13小时前

直接复制的代码，代码复制完全的话，应该没什么问题。

${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt不是之前已经生成了？还有之前保留的备份吗？如果有备份就之间往下分析

这次的问题先检查这次问题涉及的文件。用“cat -A .FAE1gene.list” 查看文件后缀是不是$。查看FAE1_hmmerOut.cut_e_len.txt 文件内容有没有问题。可以截图发过来。

这次的文件也可以手动生成，直接在本地打开FAE1_hmmerOut.cut_e_len.txt文件，将包含WRKYgene.list中基因的行保留下来就能得到FAE1_hmmerOut.final.txt文件

老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

1 个回答

相似问题