fastp过滤宏基因组序列是使用平均质量过滤还是滑动窗口过滤好一些,还是两者都用
平均质量过滤一般不用,过滤严格,
软件默认用的是质量过滤,就是按低于阈值的碱基比例来过滤,这个合理一点,一般用这个,默认值就可以,-q-u,这两个参数
但是如果你fastqc发现,绝大部分序列前面都很好,最后几个碱基质量很差,这个时候可以做滑动窗口过滤