EMMAX进行GWAS分析时候出现问题

#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship

emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var，在执行这条命令的时候，结果文件中全是IBS中全是-NAM，没有具体的数值。

在上一部用pLINK的时候用的命令是plink --vcf $vcf \

--recode12 --output-missing-genotype 0 \

--transpose --out snp_var --set-missing-var-ids @:# --allow-extra-chr。

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1 个回答

Ti Amo 2天前

检查一下snp_var为前缀的文件有没有空的，然后emmax应该是需要把表型数据添加到基因型文件里的，确认这一步做了没有。