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泛基因家族分析

  • 2025-07-28 09:44
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根据组装后基因做的物种注释，还需要做稀疏曲线吗

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Error, no sequence for chr1 at /wcr/TransDecoder/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

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Error, no sequence for chr1 at xxxxxxxxxxxxxxx/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

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基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

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你好，

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泛基因组分析，磁盘配额不足

  • Yang 2025-07-26 16:31
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结构变异与保守结构域分析

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泛基因家族分析，Ka/Ks分析

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用ALLHIC挂载时，划分Group出现问题

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docker search没有reseq镜像

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泛基因家族系统发育树

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ALLHIC1挂载出现问题

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泛基因家族成员鉴定

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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

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XP-CLR

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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请问，在基因组中提取包括UTR，CDS的基因序列，命令咋写？使得提取的UTR,CDS能自动拼接成一条序列。而且能一个命令出来的结果，能包含所有家族基因的UTR和CDS序列。

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老师，想问一下您，用blastp方法做基因家族成员鉴定时，鉴定到了51个成员，其中有几个成员的蛋白序列相似性大于98%，但是位于不同染色体上，这种是否需要删除多余的，只保留一条就够了？