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5 mummer比对syri进行SV检测报错

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docker 安装

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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请问一下老师，在大讲堂学习的时候用的是docker＋Linux系统，但是回来以后课题组用的是vmware虚拟机，那我怎么将docker的镜像放到vmware中呢

  • Nier 2025-09-10 12:17
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老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

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在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？

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tgsgapcloser 如何控制minimap占用的内存

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老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只有叶片组织的播种24天及以后的数据，我都选取播种24天的数据进行转录组分析可以么，另外我想以其中一个品种作为参考基因组，我是不是需要把这个基因组的fasta文件和gff文件建立索引，然后再分析这几个基因组的rnaseq数据，包括参考基因组的ranseq

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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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存在缺失分析

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我让生物公司测一个莱甲的基因组，挂载的时候他们挂载6条染色体，但是我核型检测是13对染色体，挂13个的hic热图效果不如挂6个的图好，这种情况怎么处理呢

  • Nier 2025-09-07 10:21
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da

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选择清除Fst和Pi联合作图

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tree_tax出错

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juice box调整hic挂载数据

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老师，您好。在转录组学和代谢组学做联合分析时，必须要在同一通路下分析，还是相关通路都能分析，如转录组的植物激素信号转导（ko04075）和代谢组的植物激素合成(ko01070)能联合分析吗

  • Echo 2025-09-01 15:00
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转录组比对中，同源性很高的两个基因比对不正确

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allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了

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mcmctree运行很长时间

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16S课程 03.asv_taxonomy