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对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

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课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法的设置原因吗？

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10 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 11:03
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5 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 10:13
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对原始序列进行去接头，删除低质量的reads

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对宏基因组的分类和功能数据去除低丰度数据时，论文中经常采用0.1%,0.01%或者不说明，我可以采用其他取值不在文中说明吗

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我在STRING数据库找不到我的物种

  • 2025-05-26 21:02
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我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

  • jpq 2025-05-26 15:37
2 解决

基因ID

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绘制热图所用数据的样本或处理如何确定

  • 2025-05-23 15:37
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下载HMM模型

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putty打开没反应

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共线性分析，我看文献有说共线区块，我可以通过什么命令来计数？

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我的fasta文件是由scaffold组成的，不是直接的A01和C01之类的，然后我现在用现有的文件以Gapit方式跑曼哈顿图时报错，该怎么调整

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终端没反应

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基因家族分析环境变量

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共线性分析，绘图报错。看不懂，请问是啥意思？

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共线性分析，请问layout内容问题在哪里？

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共线性分析，最后一步出不来pdf。看不懂提示。

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共线性分析出现如下报错，但是还是有结果。而且也能出图。这是怎么回事呢