xun
Minimap2安装与使用
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...
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- 星莓
- 发布于 2023-05-12 11:07
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星莓
回归分析中R2的意义
回归分析中R2指的是结果变量（y）的观测值与y的拟合（即预测）值之间的相关系数；因此，R的值将始终为正，范围为0至1。 相关系数R2：表示你的曲线线性是否很好，理想状态是1，但是达不到。一般...
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- rzx
- 发布于 2023-05-10 11:51
- 阅读 ( 6864 )
rzx
典型相关性分析CCA与冗余分析RDA
1.典型相关（CCA）的基本原理canonical correspondence analysis 典型相关分析是研究两组变量之间关系的一种多变量统计分析方法，它可以反映两组变量之间的相互依赖的线性关系。设两组变量用x1...
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- rzx
- 发布于 2023-05-09 17:37
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安生水
很大的压缩文件计算行数
这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 15:22
- 阅读 ( 934 )
根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件
如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extrac...
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- xun
- 发布于 2023-05-05 13:31
- 阅读 ( 1053 )
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
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- omicsgene
- 发布于 2023-04-28 18:12
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omicsgene
三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV
三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...
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- 星莓
- 发布于 2023-04-28 14:14
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使用Python jcvi 时遇到的报错 ，如：FileNotFoundError，如何解决
关于JCVI的使用，唐老师在github上已经有很详细的介绍，网络上也有很多教程。JCVI依赖的东西非常多，因此在使用时还是难免遇到各种问题，以在使用Python JCVI，遇到FileNotFoundError为例，...
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- 生信阿姨
- 发布于 2023-04-18 11:35
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生信阿姨
Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序
Linux常用命令shuf用于把输入行按随机顺序输出到标准输出。 具体用法如下： shuf命令会将final.bed文件中的所有行随机排序，-n选项设置显示前1000行。 常用参数有： 示例： 生成3个...
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- 安生水
- 发布于 2023-04-17 10:09
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压缩或解压软链接文件，gzip或gunzip报错Too many levels of symbolic links
目录下有个软链接的文件，想对它进行压缩或者解压，但是却报错Too many levels of symbolic links
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- 星莓
- 发布于 2023-04-14 15:20
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