uniref50 数据库下载及格式化

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singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError

比如在singularity中运行: singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz  -o $workdir/1.fastqc 可能报错: 可以加一个-t选项,多线程运行,如下图,...

Pheatmap绘制多分组热图

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seqkit序列处理神器的常用命令

seqkit是一个序列处理神器,有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令,详细内容如下

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-18 17:22
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名额有限-组学大讲堂共享云服务器开售了!

组学大讲堂云共享服务器上线!

duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式: $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写,是Dl.blast文件。在运...

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  • rzx
  • 发布于 2022-11-16 14:00
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hmmer之hmmbuild用法

hmmer之hmmbuild用法

Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

GetOrganelle软件是一款由郁文斌老师开发的一套全新的细胞器基因组组装工具,可以对大规模的细胞器基因组进行快速、准确及自动化组装。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-14 11:18
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Rocky 9下Rstudio-service配置教程

Rocky 9下Rstudio-service配置教程

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  • 安生水
  • 发布于 2022-11-08 14:28
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HMMER ——hmmsearch 用法,参数

HMMER ——hmmsearch 用法,参数

GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

GATK4

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  • 安生水
  • 发布于 2022-10-31 12:49
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GATK4进行变异检测是否可以多线程

GATK4

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  • 安生水
  • 发布于 2022-10-25 09:50
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pfam 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

notepad++显示所有字符(隐藏的回车换行空格)转换CRLF

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进化树美化操作详解- iTOL

绘制进化树,是科研人的基础技能之一,而一张好看的进化树图,不仅能直观得展现基因或物种间的发育进化关系,更能增加文章的观赏性,赢得审稿人的青睐。今天给大家介绍的是一款非常实用且操作简...

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  • rzx
  • 发布于 2022-10-12 15:53
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关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

branch-site models 类似于branch model和site model的合集,主要假设基因的不同位点间(site)和系统发育树的不同分支间(branch)的ω值均是变化的,目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的...

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  • rzx
  • 发布于 2022-10-10 17:12
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关于CodeML分析中四种常见模型假设

codeml是PAML软件包下的一个程序,在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择分析中受到广泛应用。 对于一棵系统发育进化树,在考虑其不同序列间(site)和不同支...

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  • rzx
  • 发布于 2022-10-10 15:41
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braker软件运行报错

braker

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  • 安生水
  • 发布于 2022-09-23 11:35
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使用hisat2软件将测序数据比对到基因组

使用hisat2软件将测序数据比对到基因组

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  • 安生水
  • 发布于 2022-09-09 14:33
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Clustal Omega多序列比对使用方法(命令行及在线网站)

Clustal Omega是欧洲生物信息研究所(EBI)开发的多序列比对排列工具,现已经完全取代了之前ClustalW的地位。最新本的omega比对准确度更高,而且速度更快,适合大规模的多序列比对。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-09-09 14:21
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