linux 编码转换

在linux里面编辑二进制文件有以下两种方法: 1. vim 打开二进制文件: vim -b 文件 将内容转换成16进制: :%!xxd 转换回来: :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-12-03 14:56
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annovar的染色体识别问题

如果是非数字形式的染色体编号(尤其是其中有特殊字符),annovar的注释可能会有问题,需要改成数字格式

seqkit | 对fa序列文件中序列长度进行筛选

seqkit seq -m 50 XX.fa > XX1.fa 将XX.fa文件中序列长度低于50的序列删除

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  • rzx
  • 发布于 2024-11-19 19:01
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eQTL分析之协变量计算

准备eQTL分析的协变量文件

TWAS分析的原理和工具

TWAS(Transcriptome-wide Association Study)是一种用于研究基因表达和疾病之间关系的方法,通过对全基因组的基因表达数据进行统计分析,以识别与特定疾病或性状相关的基因表达变异。

HiC-Pro 报错检索解决

报错: 运行HiC-Pro的时候出现报错: 去看log文件发现: 只能知道是在比对的step1就出现了问题。 问题查找: 此时我们需要去HiC-Pro的scripts文件夹下面去查看Makefile这个文件,看一...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-10-28 15:12
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perl报错:symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake

glimmhmm是一个基因从头预测的软件,他的运行需要先训练模型再预测基因 报错: 运行trainGlimmerHMM的时候出现报错”undefined symbol: Perl_xs_handshake“ 问题: per调用的lib里面没有相关...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-10-22 13:55
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ifconfig不显示ip

如题,在ifconfig的时候如果没有出现IP地址,同时确保自己网络连接没问题 nmcli con show NAME  UUID                                  TYPE      DEVICE  eno1  1377a295-708b-4cb4-a1cb-0...

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  • xun
  • 发布于 2024-10-10 15:57
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PASA报错:unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc

通常会从同源、转录组、从头三个方面进行基因结构注释,其中PASA是转录组注释的常用软件。 报错: 把三代转录组数据投入PASA是出现报错:unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, as...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-09-30 13:50
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circos改变某两条染色体之间的距离

circos改变某两条染色体之间的距离

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  • 安生水
  • 发布于 2024-09-23 15:15
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SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具,用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。

pfamscan程序-translate和python的translate冲突问题

pfamscan程序-translate和python的translate冲突

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-08-27 16:44
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bowtie2 将fasta序列比对到参考基因组

bowtie2 将fasta序列比对到参考基因组

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  • 安生水
  • 发布于 2024-08-16 10:26
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蛋白质比对结果快速分类taxid

蛋白质比对结果快速分类taxid的c脚本

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  • xun
  • 发布于 2024-08-09 15:02
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MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits

MITE属于II类非自主转座因子,可以使用MITE_Hunter进行检测,MITE_Hunter的运行一共有8步。 1. 报错信息 在运行第六步(-S 6)的时候出现报错: 2. 报错原因 发现第六步执行: 在MITE_...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-08-05 10:36
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火山云 | tos:// 数据下载 | windows/linux下载方式

01:windows | 通过 共享链接 登录 TOS Browser 软件(版本> v1.7.0)下载 01-1:在本地电脑下载TOS Browser 软件,安装包网址:https://www.volcengine.com/docs/6349/148777 01-2:双击...

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  • rzx
  • 发布于 2024-08-01 11:34
  • 阅读 ( 1418 )

甲基化水平如何计算

甲基化水平如何计算

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  • 安生水
  • 发布于 2024-07-11 09:51
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qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

qsub全称为”Queue Submitter”,是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中,等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-26 17:54
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蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介: MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一,免费使用,目前认可度相对较高,可针对多种质谱数据格式(.raw、.wiff、.mzML、.mzxml)。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-26 11:52
  • 阅读 ( 3671 )

Windows里MaxQuant下载与安装

MaxQuant网址:https://www.maxquant.org/

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-19 17:02
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