基因组学 - 文章 - 组学大讲堂问答社区

已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。

0
0
每天学习一点点
发布于 2023-09-14 11:29
阅读 ( 64 )

泛基因组可视化

0
0
omicsgene
发布于 2023-09-07 15:18
阅读 ( 113 )

VG 泛基因组call 变异

0
0
omicsgene
发布于 2023-08-29 12:09
阅读 ( 94 )

MUMmer + SVMU : CNVs

0
0
omicsgene
发布于 2023-08-28 11:47
阅读 ( 82 )

jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

如何使用jcvi通过调整相关文件参数展示局部共线性情况

0
0
每天学习一点点
发布于 2023-08-15 18:06
阅读 ( 138 )

Docker会限制线程数吗

再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？

0
0
Mr Dong
发布于 2023-06-14 11:14
阅读 ( 246 )

基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl

0
0
omicsgene
发布于 2023-04-28 18:12
阅读 ( 322 )

wgd syn 报错 KeyError: 6.0

KeyError: 6.0

0
0
omicsgene
发布于 2023-03-29 19:19
阅读 ( 293 )

OrthoFinder 输出结果文件说明

0
1
omicsgene
发布于 2023-03-13 14:12
阅读 ( 760 )

最全进化树构建知识点大盘点

2
0
omicsgene
发布于 2023-03-10 15:56
阅读 ( 1881 )

全基因加倍/复制（whole genome duplication, WGD）

1
2
omicsgene
发布于 2023-03-02 17:24
阅读 ( 1776 )

利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树

1
0
omicsgene
发布于 2023-02-27 20:46
阅读 ( 1382 )

synteny collinearity 区别

0
0
omicsgene
发布于 2023-02-23 17:01
阅读 ( 344 )

有根树和无根树newick文件中

0
0
omicsgene
发布于 2023-02-09 14:07
阅读 ( 766 )

核苷酸替换模型-GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型，其他所有模型是GTR模型的特例

GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型，其他所有模型是GTR模型的特例

0
0
omicsgene
发布于 2023-02-02 15:14
阅读 ( 457 )

根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列

https://github.com/TransDecoder/TransDecoder

0
0
omicsgene
发布于 2022-12-28 11:52
阅读 ( 891 )

repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件，可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽

0
0
omicsgene
发布于 2022-12-07 10:13
阅读 ( 854 )

真菌 ncRNA 基因特征及坚定方法

Haas BJ, Zeng Q, Pearson MD, Cuomo CA, Wortman JR. Approaches to Fungal Genome Annotation. Mycology. 2011 Oct 3;2(3):118-141. doi: 10.1080/21501203.2011.606851. PMID: 22059117; PMCID: PMC3207268.