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zhanglab 生信文章

张泽民生信文章

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omicsgene
发布于 1天前
阅读 ( 23 )

PfamScan运行报错：FATAL: error running translate (usage: translate [-h] [-d DEST] [-s SRC] [-c] text

报错原因： PfamScan运行的时候会调用hmmer的translate，而在我环境中默认是python下面的translate 解决办法： export PATH=/biosoft/hmmer/squid/:$PATH

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Ti Amo
发布于 2天前
阅读 ( 25 )

孟德尔随机化(MR)

前面的文章中我们给大家介绍过eQTL和sQTL的概念, 大体总结一下，eQTL是指基因组上的一些突变可以改变相关基因的表达，sQTL是指这些突变同时也会导致可变剪接的差异,实际上这两个都是归于一个叫...

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xun
发布于 5天前
阅读 ( 61 )

宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法

宏基因组的基因组binning（分箱，即将测序数据中的reads或contigs分类到不同的基因组中）是一个关键步骤, 常用的软件是2018发表的metawrap,但是他一直没有更新, 这篇文章将介绍一个较新的binnin...

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xun
发布于 5天前
阅读 ( 66 )

LeafCutter可变剪切注释

目前主流的探究转录组数据的可变剪切的算法是基于estimate isoform ratios 或者 exon inclusion levels ,但是可变剪切本跟正常转录本重合的比例很大，存在技术误差也，且他依赖于基因现有的注释...

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xun
发布于 5天前
阅读 ( 48 )

命令并行思路

大多数人在服务器上运行命令的时候,爱使用循环或者逐条运行,这其实无法发挥服务器的性能,在不用花的时间上浪费了很多时间,本期我们来从简入难,汇总一下服务器并行的思路 01 — 基础并行,不...

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xun
发布于 5天前
阅读 ( 56 )

多组学联合分析—桑基图

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安生水
发布于 5天前
阅读 ( 81 )

一文教你绘制GO富集分析弦图，简单又好看

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安生水
发布于 5天前
阅读 ( 118 )

IF=4.8|对4种天南星科植物基因组进行WRKY基因家族分析，并分析其在魔芋中的表达

“ 2025年12月 Frontiers in plant science杂志发表了一篇题为“Genome-wide characterization of WRKY family genes in four araceae species and their expression analysis in Amorphophallu...

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rzx
发布于 5天前
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选择清除分析之XP-EHH

在群体遗传学中，选择清除、连锁不平衡和单倍型是三个紧密关联的核心概念，它们共同帮助我们理解自然选择如何在基因组上留下印记。今天先来说说选择清除分析。一、核心概念解析选择清除：...

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Ti Amo
发布于 6天前
阅读 ( 83 )

STAR构建基因组索引报错

报错提示： Fatal LIMIT error: the number of junctions to be inserted on the fly =1412348 is larger than the limitSjdbInsertNsj=1000000Fatal LIMIT error: the number of junctions to...