宏病毒组分析一区
使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候,如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题,结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果,比如下面这样 可以用脚本来处理,删...
对于qiiem2更新细节的一些描述
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网...
qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错:
微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级;tax_bar_plot.r
IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析
qiime2 18S 分类器构建
环境因子分析
扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析
qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"
Demultiplexing and Trimming Adapters from Reads with q2-cutadapt
机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9
Bugbase除了生成默认九种表型的预测文件,在本地运行还可以指定表型对样品进行预测
I型标尺与II型标尺
肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章
方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)
非约束排序(PCA、CA、PCoA、NMDS)中被动拟合解释变量
https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494
环境微生物领域杂志影响因子