omicsgene
kraken2生成的biom文件处理
使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候，如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题，结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果，比如下面这样 可以用脚本来处理，删...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-05-31 17:33
- 阅读 ( 256 )
xun
qiime2分类器的训练
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...
- 0
- 2
- xun
- 发布于 2022-11-14 15:26
- 阅读 ( 792 )
微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r
微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2022-07-27 11:11
- 阅读 ( 742 )
扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析
扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2021-02-24 11:57
- 阅读 ( 1953 )
qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"
qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2021-01-04 15:29
- 阅读 ( 3009 )
利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据
Demultiplexing and Trimming Adapters from Reads with q2-cutadapt
- 1
- 0
- omicsgene
- 发布于 2020-12-23 11:09
- 阅读 ( 6089 )
机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9
机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2020-12-18 20:06
- 阅读 ( 2121 )
Morii
肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章
肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章
- 1
- 2
- omicsgene
- 发布于 2020-12-01 15:59
- 阅读 ( 5189 )
方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）
方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）
- 0
- 1
- omicsgene
- 发布于 2020-11-22 20:19
- 阅读 ( 11962 )
envfit()的线性拟合：非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）
非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）中被动拟合解释变量
- 2
- 2
- omicsgene
- 发布于 2020-11-22 20:03
- 阅读 ( 8154 )
qiime2 分类器建立 SILVA数据库
https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494
- 0
- 1
- omicsgene
- 发布于 2020-11-21 08:24
- 阅读 ( 6645 )
