宏病毒组分析一区

宏病毒组分析一区

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-09-07 09:28
  • 阅读 ( 81 )

kraken2生成的biom文件处理

使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候,如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题,结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果,比如下面这样 可以用脚本来处理,删...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-31 17:33
  • 阅读 ( 256 )

组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

对于qiiem2更新细节的一些描述

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-01-06 13:26
  • 阅读 ( 880 )

qiime2分类器的训练

训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网...

  • 0
  • 2
  • xun
  • 发布于 2022-11-14 15:26
  • 阅读 ( 792 )

qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错:

qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错:

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2022-10-29 10:07
  • 阅读 ( 1072 )

微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级;tax_bar_plot.r

微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级;tax_bar_plot.r

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2022-07-27 11:11
  • 阅读 ( 742 )

IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

IF=5|干眼症微生物多样性分析案例解析

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2022-02-14 13:07
  • 阅读 ( 1134 )

qiime2 18S 分类器构建

qiime2 18S 分类器构建

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2021-08-06 10:32
  • 阅读 ( 2026 )

环境因子分析

环境因子分析

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2021-02-26 15:28
  • 阅读 ( 5435 )

扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2021-02-24 11:57
  • 阅读 ( 1953 )

qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2021-01-04 15:29
  • 阅读 ( 3009 )

利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

Demultiplexing and Trimming Adapters from Reads with q2-cutadapt

  • 1
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-12-23 11:09
  • 阅读 ( 6089 )

机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-12-18 20:06
  • 阅读 ( 2121 )

bugbase指定表型预测

Bugbase除了生成默认九种表型的预测文件,在本地运行还可以指定表型对样品进行预测

  • 0
  • 0
  • Morii
  • 发布于 2020-12-14 12:00
  • 阅读 ( 2354 )

PCAI型标尺与II型标尺

I型标尺与II型标尺

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-12-02 22:13
  • 阅读 ( 3009 )

肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

  • 1
  • 2
  • omicsgene
  • 发布于 2020-12-01 15:59
  • 阅读 ( 5189 )

方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)

方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)

  • 0
  • 1
  • omicsgene
  • 发布于 2020-11-22 20:19
  • 阅读 ( 11962 )

envfit()的线性拟合:非约束排序(PCA、CA、PCoA、NMDS)

非约束排序(PCA、CA、PCoA、NMDS)中被动拟合解释变量

  • 2
  • 2
  • omicsgene
  • 发布于 2020-11-22 20:03
  • 阅读 ( 8154 )

qiime2 分类器建立 SILVA数据库

https://forum.qiime2.org/t/processing-filtering-and-evaluating-the-silva-database-and-other-reference-sequence-data-with-rescript/15494

  • 0
  • 1
  • omicsgene
  • 发布于 2020-11-21 08:24
  • 阅读 ( 6645 )

环境微生物领域杂志影响因子

环境微生物领域杂志影响因子

  • 1
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-11-13 13:22
  • 阅读 ( 1731 )