SNP 过滤标准保证数据质量及参考文献:

最近有审稿人问我们的SNP过滤标准的合理解释,这里总结一下相关的参考文献和标准的出处

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-12 16:59
  • 阅读 ( 553 )

bcftools建索引报错:Chromosome blocks not continuous

bcftools建索引时报错“染色体区段不连续”

老师您好,请问在群体遗传进化中,模板数据黄瓜的分组,sample 是指的什么?是测序数据下机的样品编号?

不太理解就是当所有的下机数据合并成vcf文件,后续需要建树和扫描清除分析时应该怎么填写分组txt?

  • 0
  • 0
  • shidandan
  • 发布于 2023-11-02 09:41
  • 阅读 ( 453 )

基因组重测序docker镜像更新到2.0

基因组重测序docker镜像更新到2.0

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-10-16 10:12
  • 阅读 ( 1005 )

CNVnator 安装报错

CNVnator 安装报错

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-10-11 14:42
  • 阅读 ( 440 )

ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-06-13 09:46
  • 阅读 ( 625 )

stacks RAD 分析方法

stacks RAD 分析方法

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2023-04-19 13:40
  • 阅读 ( 814 )

多款软件进行vcf合并--gatk、vcftools、bcftools

链接:https://www.jianshu.com/p/116c8e4c93f4

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2022-09-21 18:00
  • 阅读 ( 4884 )

GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2022-02-11 16:14
  • 阅读 ( 3302 )

vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2022-01-04 13:04
  • 阅读 ( 3044 )

bcftools call SNP

bcftools call SNP

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2021-09-22 18:16
  • 阅读 ( 1959 )

BSA分析中MutMap 分析:95% 99%阈值置信区间是如何计算的

BSA分析中MutMap 分析:95% 99%阈值置信区间是如何计算的

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-07-21 13:02
  • 阅读 ( 3678 )

BSA分析中QTL-seq 分析:95% 99%阈值置信区间是如何计算的

BSA分析中QTL-seq 分析:95% 99%阈值置信区间是如何计算的

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-07-21 12:51
  • 阅读 ( 4274 )

GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

  • 1
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2020-06-25 09:38
  • 阅读 ( 5930 )

BSA分析之MutMap分析原理详解!

BSA分析之MutMap分析原理详解!

  • 0
  • 2
  • omicsgene
  • 发布于 2020-06-08 13:32
  • 阅读 ( 7064 )

SNP指纹图谱软件SNPT

SNP指纹图谱软件SNPT

  • 1
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2019-12-12 16:26
  • 阅读 ( 3741 )

BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别?

ED和snp-index是进行BSA基因定位时最常用的算法,本文简述了两者的区别。

  • 3
  • 9
  • omics007
  • 发布于 2019-08-02 12:30
  • 阅读 ( 15758 )

外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤与FAM160A1基因突变相关

  • 0
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2019-05-24 16:55
  • 阅读 ( 2714 )

外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

外显子 测序

  • 1
  • 0
  • omicsgene
  • 发布于 2019-05-24 16:51
  • 阅读 ( 2285 )

变异结果 vcf 格式转换成 hapmap格式

格式转换

  • 0
  • 2
  • omicsgene
  • 发布于 2019-05-09 15:38
  • 阅读 ( 8622 )