绘制PCA图时，如何删除图例中图形符号下的字母？
在使用FactoMineR和factoextra包绘制PCA图时，如果图中每个样本显示样本名，那么该图的图例中，图形符号下面会有字母，如下图左；如果图中不显示样本名，那么图例符号下面就不会有字母，如下图...
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- rzx
- 发布于 2023-07-12 16:26
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rzx
pip_search，pip search 的替代品
pip search 崩溃以后，各种payhon模块和软件的管理变得异常困难不过还是有一些不错的替代品的
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- xun
- 发布于 2023-07-10 10:00
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xun
安生水
cmplot调整四周空白区域的大小
和直接绘图使用per函数调整mar不同，cmplot包里自带了mer参数以调整四周空白区域的大小 用法类似 mar <- c(2, 2, 2, 8)CMplot( snp, plot.type = "d", bin.size = opt$binsize, chr....
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- xun
- 发布于 2023-07-07 16:20
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omicsgene
GATK报错| this implies a problem with the file locking support in your operating system
##### ERROR MESSAGE: Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx. Since the GATK uses non-blocking lock acquisition calls that...
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- rzx
- 发布于 2023-07-03 10:10
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星莓
R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached
在运行R脚本的时候，出现报错，提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi...
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- rzx
- 发布于 2023-06-29 13:37
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grep --color=auto使用用法介绍
grep是一个常用的文本搜索工具，用于在文件中查找文本字符串。grep--color=auto是grep的一个扩展选项，主要功能是匹配的特定字符串加上颜色以区分，并可以进行高亮显示。可以方便我们快速查找相...
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- 安生水
- 发布于 2023-06-26 14:49
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Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具
Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...
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- rzx
- 发布于 2023-06-26 14:20
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Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具
Rush（Rapid Utilities SHell）是一款强大的并行任务执行工具，专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了，同时具备灵活性...
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- xun
- 发布于 2023-06-20 14:15
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Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 17:33
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OthroFinder-物种同源基因分析工作原理
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 16:15
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提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
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- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
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linux:将进程更改为切换到后台不退出
在linux中执行命令的时候，在程序命令行后加入&符，可以将命令放入后台执行且关闭shell不退出进程； 但如果一开始执行命令的时候没有加入&，后面发现命令执行时间很长，解决办法如下：...
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- rzx
- 发布于 2023-06-14 19:11
- 阅读 ( 1900 )
Docker会限制线程数吗
再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？
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- Mr Dong
- 发布于 2023-06-14 11:14
- 阅读 ( 2245 )
Mr Dong
