lefse 运行报错python3中

lefse 运行报错python3中

(test) MacBook-Pro-de-Taha:Desktop tahazakariya$ lefse_run.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res Number of significantly discriminative features: 51 ( 131 ) before internal wilcoxon Traceback (most recent call last): File "/Users/tahazakariya/opt/anaconda3/envs/test/bin/lefse_run.py", line 8, in <module> sys.exit(lefse_run()) File "/Users/tahazakariya/opt/anaconda3/envs/test/lib/python3.9/site-packages/lefse/lefse_run.py", line 90, in lefse_run if params['rank_tec'] == 'lda': lda_res,lda_res_th = test_lda_r(cls,feats,class_sl,params['n_boots'],params['f_boots'],params['lda_abs_th'],0.0000000001,params['nlogs']) File "/Users/tahazakariya/opt/anaconda3/envs/test/lib/python3.9/site-packages/lefse/lefse.py", line 222, in test_lda_r rowns = list(rres.rownames) AttributeError: 'NoneType'object has no attribute 'rownames'


解决办法,降低版本: rpy2 (3.5.10) and numpy (1.24.3)

  • 发表于 2023-10-18 14:38
  • 阅读 ( 441 )
  • 分类:宏基因组

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

658 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 658 文章
  2. 安生水 328 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. xun 68 文章
  8. rzx 67 文章