GEO 数据介绍及在线下载

GEO 数据在线下载

1、什么是GEO数据库呢?

GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。

它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。

最重要的是这个数据库里的数据是免费的。

2、GEO提供的数据类型有那些呢?

GEO数据库里的数据是免费的,可以直接在线下载。但是,在下载数据之前你要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型:

  1. GSE数据编号(Series)
  2. GPL数据编号(GEO platforms)
  3. GSM数据编号(Samples)
  4. GDS数据编号(Datasets)

一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集,一个GSE里面可以有一个或者多个GSM(Samples)样本,而每个数据集都有着自己对应的芯片平台,就是GPL(GEO platforms)。GSE编号一般为作者提交时生成的原始数据编号,后续NCBI中的工作人员会根据研究目的、样品类型等信息归纳整合为一个GDS(Datasets),整理后的数据还会有GEO profile数据,也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性,另外,不是所有的GSE数据都能被整理,所以,有的GSE数据里面没有GDS数据也是正常。

详细信息见:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/overview.html

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3 GEO数据下载:

进入GEO数据库官方网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/。 通过查阅文献,我们可以知道作者提交GEO数据库的GSE数据编号,通过这个编号我们就可以在GEO数据库中搜索相应的GSE编号,然后下载数据了,例如:

如果不知道编号通过直接搜索下载,可参考:https://www.omicsclass.com/article/1101

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然后就可以得到相应的数据信息:

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GEO数据类型:


说明:

数据类型描述数据解释(解压后可用notepad++打开)
SOFTSOFT formatted family file(s)平台信息芯片中探针与基因的对应关系注释文件,样品单独的表达量,所有信息文件
MINiMLMINiML formatted family file(s)XML格式的所有数据(同SOFT文件单格式不同)
TXTSeries Matrix File(s)所有样品表达矩阵数据文件
TAR (of CEL, EXP)GSE3541_RAW.tar芯片原始数据(cel)文件

4 GEO数据其他编号下载方法:

如果一个GSE数据被NCBI工作人员整理过,会有相应的GDS数据,可到这个网址查询:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser

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更多GEO数据编号搜索入口如下:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

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9.全部课程可点击:组学大讲堂视频课程



  • 发表于 2019-11-11 13:21
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  • 分类:GEO

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