基因家族鉴定分析操作手册:

基因家族鉴定分析总结
1.下载基因组信息文件,gff,cds,pep,fasta文件:
Ensembl下载地址:http://plants.ensembl.org/index.html  下载方法可参考:https://www.omicsclass.com/article/58
phytozome(JGI)下载地址:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html  下载方法可以参考:https://www.omicsclass.com/article/50
NCBI官网下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/  下载方法可参考:https://www.omicsclass.com/article/497
 
 
 
2.hmmer鉴定基因家族(拟南芥WRKY基因家族为例):
2.1 hmmer 搜索鉴定基因家族
如何知道自己要研究的基因家族的pfam号:https://www.omicsclass.com/question/268
WRKY基因家族:Pfam 隐马尔科夫模型下载:http://pfam.xfam.org/family/PF03106
HSP20基因家族:Pfam 隐马尔科夫模型下载:http://pfam.xfam.org/family/PF00011
Hmmer软件官方说明文档:http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
Hmmsearch 搜索结果说明:https://www.omicsclass.com/article/499
 
 
 
2.2 手动确认结构域;
蛋白分子量分析:ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)


2.3. blast鉴定基因家族分析
(适用于研究基因家族没有PFam号的情况)(可选分析,根据自己基因家族特点是否选择
Blastall使用参数详细说明:https://www.omicsclass.com/article/504
Blast m8格式输出结果说明:https://www.omicsclass.com/article/505
 
3.进化树分析
3.1 基因蛋白结构域构建进化树
3.2 基因蛋白全长构建进化树
Evolview进化树美化:https://www.omicsclass.com/article/671

attachments-2019-02-RbUXm4HJ5c661bede4e37.jpg




ITOL进化树美化:https://itol.embl.de/
itol编辑进化树枝颜色(分组):   https://www.omicsclass.com/article/448  ; 查看node id: https://www.omicsclass.com/article/433


 
 
4.MEME 搜索基因motif分析
Motif序列信息查看:https://www.omicsclass.com/article/432
 
attachments-2018-10-eE4S9VaA5bd6dbc5cca12.jpg
5.基因结构分析,外显子内含子等

attachments-2018-10-JQEPqA8I5bd6dbd9b9360.jpg

6.基因结构+进化树+motif绘图

attachments-2018-10-6oQj9AY45bd6dbe367f2e.jpg

7. 基因定位到染色体

 attachments-2018-10-kWpPgbY35bd6dbf186274.jpg
 
8.mcscanX共线性分析
1.1 基因组内共线性分析
基因组内共线性分析参考:https://www.omicsclass.com/article/275
提取基因家族串联重复脚本:https://www.omicsclass.com/article/399
 
attachments-2018-10-Vq9EkoMx5bd6dbff644da.jpg

 
 
2.2 基因组间共线性分析
物种之间共线性分析参考:https://www.omicsclass.com/article/284
attachments-2018-10-iHv0wwn45bd6dc1060cfb.jpg
 
这部分已经安装成功:
sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install jcvi
sudo  /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install scipy
 
 
 
9.结合转录组分析
1.GEO数据库:
绘制热图在线工具:http://www.heatmapper.ca/
 
2.SRA高通量二代测序数据,数据库下载数据方法,需要做转录组分析:
 
 
10.基因顺势作用原件分析
 
Plant CARE 地址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/,这个网站的优点就是很多文章使用,可以引用
PLACE:https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace  它的优点是每次可以输入20条序列,出结果的速度也比Plant CARE 快。
 
提取顺势作用原件,利用GSDS绘图:
attachments-2018-10-D5flRWuq5bd6dc2c3d292.jpg

可观看《基因家族分析实操课程》学习


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